Σύμφωνα με την παράδοση, στην τρίτη χερσόνησο της Χαλκιδικής, όπου βρίσκεται σήμερα το Άγιον Όρος, εγκαταβίωναν ήδη από τον 4ο αιώνα ερημίτες ασκητές αλλά και οργανωμένες μοναστικές κοινότητες. Ωστόσο, οι πρώτες ιστορικές αναφορές στην εξάπλωση του μοναχισμού εμφανίστηκαν κατά τον 9ο αιώνα. Περίπου από τα μέσα της ίδιας περιόδου χρονολογούνται και οι πρώτες καταγεγραμμένες μαρτυρίες σχετικά με την παρουσία μοναχών. Στο τέλος του αιώνα βρίσκουμε αναφορές στο πρώτο μοναστήρι, το οποίο ιδρύθηκε από τον Ιωάννη Κώδο κοντά στην Ιερισσό.
Ο αυτοκράτορας Βασίλειος Α' ο Μακεδών (867-886) με χρυσόβουλο του 883 παραχώρησε στους μοναχούς του Αγίου Όρους μια πρώτη μορφή ανεξαρτησίας από τις τοπικές πολιτικές και εκκλησιαστικές αρχές. Παράλληλα, οι ίδιοι οι μοναχοί, ο αριθμός των οποίων αυξανόταν ραγδαία στον Άθω (περιοχή πλούσια σε φυσικές ομορφιές και κατάλληλα τοποθετημένη για τις ανάγκες του μοναχικού βίου), εγκαθίδρυσαν περίπου στα μέσα του 10ου αιώνα μια κεντρική διοίκηση, ενώ ακόμη θεσμοθέτησαν τη συγκεντρώση των ηγετών των μοναστικών κοινοτήτων τρεις φορές τον χρόνο (το Πάσχα, την εορτή της Κοιμήσεως της Θεοτόκου και τα Χριστούγεννα) στις Καρυές του Αγίου Όρους.
I. Η εμφάνιση του κοινοβιακού συστήματος και η ίδρυση των πρώτων κοινοβιακών μονών (κοινοβίων) συνδέθηκε κυρίως με το όνομα του Αγίου Αθανασίου του Αθωνίτη, ο οποίος, με τη βοήθεια του αυτοκράτορα Νικηφόρου Φωκά (963-969), ίδρυσε την Ιερά Μονή Μεγίστης Λαύρας.
Την ίδια περίοδο εμφανίστηκαν τα πρώτα έγγραφα κανονιστικού χαρακτήρα (τυπικών) του Αγίου Όρους. Ο πρώτος κανονισμός διατυπώθηκε από τον Άγιο Αθανάσιο (περίπου το 970), σύμφωνα με το πρότυπο του κανονισμού της Μονής Στουδίου στην Κωνσταντινούπολη. Ακολούθησαν διάφορες επιμέρους εκδοχές, έως τη θεσμοθέτηση του Τυπικού του αυτοκράτορα Ιωάννη Τσιμισκή (972). Το τελευταίο έγινε γνωστό και ως "Τράγος", καθώς ήταν καταγεγραμμένο πάνω σε περγαμηνή από δέρμα κατσίκας. Εκεί ρυθμίζονταν σημαντικά διοικητικά ζητήματα και θέματα που σχετίζονταν με το καθεστώς όλης της αθωνικής γης, ενώ παράλληλα θεσμοθετούταν η αυτοδιοίκηση του Αγίου Όρους και όλων των επιμέρους μονών.
II. Κατά τη βυζαντινή περίοδο εμφανίστηκαν και άλλοι κανονισμοί σχετικά με την καθημερινή ζωή στο Άγιον Όρος. Δύο από τα σημαντικότερα τυπικά εκδόθηκαν από τον αυτοκράτορα Κωνσταντίνο IX Μονομάχο το 1045 και από τον Μανουήλ II Παλαιολόγο το 1406. Στο πρώτο εξετάζονταν κυρίως οικονομικά ζητήματα που προκαλούσαν διαμάχες μεταξύ των μοναχών, ενώ στο δεύτερο, το οποίο αποτέλεσε και τον τελευταίο νομοθετικό κανονισμό εκ μέρους του βυζαντινού κράτους σχετικά με τη διοίκηση του Αγίου Όρους, τέθηκε το ζήτημα του ιδιόρρυθμου τρόπου οργάνωσης της μοναστικής ζωής. Η συνθήκη αυτή εμφανίστηκε τότε για πρώτη φορά, δίνοντας στους μοναχούς τη δυνατότητα να ζουν ιδιωτικά, να φροντίζουν μεμονωμένα για τη διατροφή και την επιβίωσή τους, πράγμα που αντιτίθετο στους κανόνες του κοινοβιακού συστήματος.
III. Μετά από μια σύντομη περίοδο σερβικής κυριαρχίας, κατά τη βασιλεία του Στέφανου Δουσάν (1331-1355), και τη μετέπειτα κυριαρχία των βυζαντινών αυτοκρατόρων, με τον Ιωάννη Καντακουζηνό να βασιλεύει από το 1350, η αθωνική χερσόνησος πέρασε στην εποχή της οθωμανικής κυριαρχίας, η οποία διήρκεσε τέσσερις αιώνες.
Προτού οι Οθωμανοί φτάσουν και καταλάβουν με τη βία το Άγιον Όρος, οι μοναχοί κατάφεραν να συμφωνήσουν με τον σουλτάνο Μουράτ II, έτσι ώστε ο Άθως να διατηρήσει όλα τα προνόμια και την περιουσία που διέθετε έως τότε. Με τον τρόπο αυτό διασφαλίστηκε η όσο το δυνατόν ομαλότερη επιβολή της οθωμανικής κυριαρχίας. Όταν το 1423-1424 το Άγιον Όρος εντάχθηκε οριστικά στα εδάφη της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, η νέα κρατική εξουσία αναγνώρισε στα μοναστήρια το δικαίωμα της αυτοδιοίκησης. Οι μοναχοί απευθύνθηκαν στον σουλτάνο με αίτημα την έκδοση φιρμανιών που να επικυρώνουν όλα τα δικαιώματα και τα προνόμιά τους, πράγμα που εκτελέστηκε άμεσα.
Φυσικά, όλες οι παραπάνω παραχωρήσεις είχαν ανάλογο κόστος. Τα μοναστήρια υποβλήθηκαν σε βαριά φορολογία, με αποτέλεσμα οι πατέρες του Άθω να αναγκαστούν να ζητήσουν βοήθεια (οικονομική και όχι μόνο) από τους ορθόδοξους ηγεμόνες των παραδουνάβιων κρατών. Αν και οι τελευταίοι ανταποκρίθηκαν με προθυμία στις εκκλήσεις τους, η οικονομική πίεση που ασκούταν από το οθωμανικό κράτος ήταν τόσο ισχυρή, ώστε ο Άθως πέρασε σύντομα σε μια περίοδο οικονομικής και πνευματικής παρακμής. Τον 18ο αιώνα οι κοινοβιακές μονές είχαν κιόλας εκλείψει.
Η κατάσταση επιδεινώθηκε από τη στάση που κράτησαν οι αγιορείτες πατέρες κατά τη διάρκεια της επανάστασης του 1821. Οι τελευταίοι δεν δίστασαν να συμμετέχουν ενεργά στην εξέγερση που ξέσπασε στη χερσόνησο της Χαλκιδικής υπό την ηγεσία του Εμμανουήλ Παπά. Ως αντίποινα ο οθωμανικός στρατός εισέβαλε στο Άγιον Όρος, λεηλάτησε και κατέστρεψε πλήθος μονών. Στις Καρυές εγκαταστάθηκε εκπρόσωπος της οθωμανικής εξουσίας, ενώ επιβλήθηκε αυστηρή φορολογία στην περιουσία της μοναστικής κοινότητας.
IV. Όσον αφορά τις σχέσεις του Αγίου Όρους με την επίσημη Εκκλησία και ειδικότερα με το Οικουμενικό Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης, αυτές υπήρξαν πάντα ένα λεπτό και περίπλοκο εκκλησιαστικό-πολιτικό θέμα. Φυσικά, τέτοιου είδους ζητήματα έχουν πλέον μόνο ιστορική σημασία, καθώς οι σχέσεις τους ρυθμίζονται τόσο από το Σύνταγμα της Ελλάδας όσο και από την κανονιστική νομοθεσία του Αγίου Όρους.
Όπως προαναφέρθηκε, οι μοναχοί του Αγίου Όρους είχαν εξασφαλίσει αυτονομία και αυτοδιοίκηση. Το προνόμιο του να μην υπόκεινται σε καμία πολιτική και/ή εκκλησιαστική εξουσία τους είχε παραχωρηθεί ήδη από τα πρώτα κιόλας διατάγματα των βυζαντινών αυτοκρατόρων. Έτσι σφραγιζόταν η αυτοδυναμία της μοναστικής κοινότητας, ενώ παράλληλα οριζόταν πως ο τοπικός επίσκοπος της Ιερισσού δεν είχε δικαίωμα να παρέμβει στις υποθέσεις του Αγίου Όρους. Η συνθήκη αυτή δημιουργούσε τριβές μεταξύ του επισκόπου (ο οποίος αργότερα μετονομάστηκε σε "επίσκοπος Ιερισσού και Αγίου Όρους") και του πρωτοσύγκελλου της αθωνικής πολιτείας, ο οποίος είχε την κεντρική εξουσία.
Στις αρχές του 14ου αιώνα, ο Πατριάρχης Αθανάσιος Α' έθεσε για πρώτη φορά το ζήτημα της υπαγωγής του Αγίου Όρους σε μια εκκλησιαστική εξουσία. Ο Οικουμενικός Πατριάρχης άρχισε να παίζει σημαντικό ρόλο στη ζωή των αθωνιτών πατέρων το 1312, μετά την έκδοση του χρυσόβουλου του αυτοκράτορα Ανδρόνικου Β' Παλαιολόγου, το οποίο συνέπεσε χρονικά με το σιγίλιο του Πατριάρχη Νιφόντα που αφορούσε το ίδιο ζήτημα. Με το χρυσόβουλο αυτό, δόθηκε στον Οικουμενικό Πατριάρχη η εξουσία να επικυρώνει την ισχύ του (εκλεγμένου) πρωτοσύγκελλου του Αγίου Όρους, καθώς και το δικαίωμα να τον απομακρύνει από τη θέση του σε περίπτωση που θεωρηθεί ακατάλληλος.
Από τότε το Άγιον Όρος υφίσταται υπό την πνευματική καθοδήγηση του πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως. Φυσικά, μέσα στη μακραίωνη πορεία της αθωνικής πολιτείας, το μέγεθος της εξουσίας του πατρειαρχείου αμφισβητήθηκε επανειλημμένως, τόσο από τον επίσκοπο Ιερισσού όσο και από τους πατέρες του Αγίου Όρους.
Μετά την έκδοση του τρίτου τυπικού του Αγίου Όρους από τον Μανουήλ Παλαιολόγο (βλ. παραπάνω Ι. II), εμφανίστηκαν και άλλα επιμέρους τυπικά, η επικύρωση των οποίων έγινε από τους Οικουμενικούς Πατριάρχες κατά την περίοδο της οθωμανικής κυριαρχίας. Έτσι, το 1574 ο Πατριάρχης Ιερεμίας Β' επικύρωσε με σιγίλιό του το τέταρτο τυπικό, το οποίο σχετιζόταν με την ολοένα αυξανόμενη τάση για τον ιδιόρρυθμο τρόπο ζωής των μοναχών. Το πέμπτο τυπικό εκδόθηκε το 1784 από τον Πατριάρχη Γαβριήλ Δ' και επικυρώθηκε μια δεκαετία αργότερα, το 1793, από τον Πατριάρχη Νεόφυτο Ζ'. Το τελευταίο αφορούσε κανονιστικά και οικονομικά ζητήματα της αθωνικής κοινότητας.
Ο 19ος αιώνας σημαδεύτηκε από διαμάχες των αγιορειτών πατέρων με την εκκλησία της Κωνσταντινούπολης. Ενδεικτικό της κατάστασης που επικράτησε είναι το γεγονός ότι το 1810 οι μοναχοί του Αγίου Όρους συνέταξαν ένα έκτο τυπικό, το οποίο απέστειλαν για επικύρωση όχι στον Οικουμενικό Πατριάρχη αλλά στον οθωμανό διοικητή της Θεσσαλονίκης. Ο νέος κανονισμός εισήγαγε σημαντικές αλλαγές στην οργάνωση της μοναστικής ζωής. Η διοίκηση του Αγίου Όρους ανατέθηκε στην Ιερά Κοινότητα και την Ιερά Επιστασία, ενώ η θέση του πρωτοσύγκελλου καταργήθηκε οριστικά.
Μετά από το γεγονός αυτό, το πατριαρχείο συνέταξε τους "Κύριους Κανονισμούς (κανονιστικές πράξεις) του Αγίου Όρους". Οι αγιορείτες δεν αποδέχθηκαν την πρόταση και, παρόλο που το 1876 είχε εκδοθεί από τον Πατριάρχη Ιωακείμ Β' αντίστοιχη πράξη αναγνώρισης της οθωμανικής κυβέρνησης, οι συγκεκριμένοι κανονισμοί δεν έγιναν αποδεκτοί από την αγιορείτικη κοινότητα. Η τελευταία συνέταξε τη δική της εκδοχή, η οποία όμως δεν τέθηκε σε εφαρμογή.
Τέλος, το 1912, υπό τον Ιωακείμ Γ', συντάχθηκαν οι «Κύριοι Κανονισμοί» ως αποτέλεσμα της συνεργασίας των πατέρων του Αγίου Όρους και του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Οι κανονισμοί αυτοί επικυρώθηκαν από την Ιερά Σύνοδο. Ωστόσο, δεν επικυρώθηκαν από την Οθωμανική Αυτοκρατορία ούτε και από το Ελληνικό κράτος, εξαιτίας των στρατιωτικών επιχειρήσεων που είχαν ήδη ξεκινήσει, καθώς και της επακόλουθης απελευθέρωσης της χερσονήσου του Άθω από τον οθωμανικό ζυγό.
