Η περιοχή του Αγίου Όρους διακρίνεται για το διοικητικό της σύστημα και το καθεστώς του αυτόνομου μοναστικού κράτους. Ο Άθως αποτελείται από είκοσι ιερές μονές με κεντρική διοίκηση, ενώ παράλληλα το κάθε μοναστήρι διατηρεί τον δικό του εσωτερικό μηχανισμό οργάνωσης. Έτσι, γίνεται λόγος για τους κεντρικούς και τους τοπικούς φορείς. Ορισμένοι συγγραφείς αναφέρονται ακόμη σε φορείς πρώτου και δεύτερου επιπέδου αυτοδιοίκησης.
Σε κεντρικό επίπεδο, ο Άθως διοικείται από την Ιερά Κοινότητα, την Ιερά Επιστασία και τις Έκτακτες Ιερές Συνάξεις. Σε τοπικό επίπεδο, η διοίκηση των μοναστηριών ασκείται από τον ηγούμενο, τη γεροντία και τρεις επιτρόπους (στις κοινοβιακές μονές), ενώ, σε όσες ιδιόρρυθμες μονές υπήρχαν μέχρι πρότινος, η διοίκηση ασκούταν από αιρετούς επιτρόπους, καθώς και από τη σύναξη των πρεσβυτέρων. Ανάλογα είναι οργανωμένη η διοίκηση των εξαρτώμενων μοναστικών κοινοτήτων (Εξαρτήματα), όπως είναι οι σκήτες, με μορφή κοινοβίων ή ιδιόρρυθμων κοινοτήτων, καθώς και των μετοχίων των αγιορείτικων μονών.