Όσο υπήρχαν και λειτουργούσαν στο Άγιον Όρος ιδιόρρυθμες μονές (μέχρι την μετατροπή όλων των μοναστηριών σε κοινόβια), αυτές διοικούνταν από την επιτροπή και τη σύναξη των προϊσταμένων (άρθρο 123 και εξής του Καταστατικού).
I. Η επιτροπή, αποτελούμενη από δύο ή τρία μέλη, εκλεγόταν στην αρχή κάθε έτους από τη σύναξη των προϊσταμένων και ασχολούταν με θέματα διοίκησης και διαχείρισης του μοναστηριού, σύμφωνα με τον εσωτερικό κανονισμό της μονής και τις αποφάσεις της κανονιστικής νομοθεσίας του Αγίου Όρους (άρθρο 90). Πρόκειται για το όργανο που εκτελούσε τις αποφάσεις της σύναξης των προϊσταμένων (άρθρο 124).
Η διοικητική επιτροπή των ιδιόρρυθμων ιδρυμάτων αντιστοιχούσε στην επιτροπή των κοινοβιακών μονών του Άθω, ενώ αποτελούσε μέρος της σύναξης των ηγουμένων ή της μοναστικής σύναξης όλων των μονών εν γένει.
II. Η σύναξη των προϊσταμένων ήταν το κύριο και μόνιμο διοικητικό όργανο των ιδιόρρυθμων μοναστηριών. Τα μέλη της εκλέγονταν εφ' όρου ζωής, μεταξύ των μοναχών που διέθεταν τα απαραίτητα προσόντα, σύμφωνα με τη διαδικασία που ορίζεται στο Καταστατικό σχετικά με την εκλογή προϊσταμένων (άρθρο 108).
Η σύναξη των προϊσταμένων αντιστοιχούσε στη γεροντία των κοινοβιακών μοναστηριών και εκτελούσε τα ίδια καθήκοντα με τον ηγούμενο και την επιτροπή των κοινοβίων, σύμφωνα με όσα αναφέρονται στην κανονιστική νομοθεσία του Αγίου Όρους (άρθρο 90).
