Όπως έχει ήδη αναφερθεί (βλ. παραπάνω, § 26 III), οι αρμοδιότητες των αγιορειτικών δικαστηρίων είναι ευρείες. Επιλύουν υποθέσεις γενικού ποινικού δικαίου, ιδιωτικού δικαίου, καθώς και πλήθος εκκλησιαστικών ζητημάτων.
Σε όλες τις υποθέσεις που εμπίπτουν των αρμοδιοτήτων τόσο των αγιορειτικών όσο και, σύμφωνα με την αναφορά του Καταστατικού του Αγίου Όρους, των πολιτικών δικαστηρίων, κάθε φορέας δύναται να κρίνει ανάλογα με την αρμοδιότητά του, ανεξαρτήτως και χωρίς περιορισμούς από τον άλλον (άρθρο 83 του Καταστατικού).
Ο όρος «πολιτικά δικαστήρια» διαχωρίζει τα κρατικά δικαστήρια της ελληνικής πολιτείας από τα αγιορειτικά δικαστήρια του αθωνικού κράτους και περιλαμβάνει τόσο τα «πολιτικά» δικαστήρια, με τη στενή έννοια του όρου, όσο και τα «ποινικά». Έτσι, αποκλείεται κάθε είδους διαφωνία μεταξύ των πολιτικών και των αγιορειτικών δικαστηρίων, καθώς κάθε ένα από αυτά καλείται να μετέχει των δικαστικών διαδικασιών ανάλογα με την αρμοδιότητά του.
Ο κανονισμός αυτονομίας των αγιορειτικών και των κρατικών δικαστικών αρχών ισχύει εξίσου για όλες τις επιμέρους αποφάσεις τους. Οι τελικές αποφάσεις δεν είναι αρμοδιότητα μόνο του κρατικού ή μόνο του αγιορειτικού δικαστηρίου, καθώς και τα δύο δύνανται να ασχολούνται με την ίδια υπόθεση, εξετάζοντας, για παράδειγμα, ένα αδίκημα που διαπράχθηκε από μοναχό.
Ωστόσο, είναι σαφώς ορισμένο πως η απόφαση του ενός δικαστηρίου δεν αποτελεί οδηγό για το άλλο, έτσι ώστε να παραμένει δυνατό να εκδοθεί αθωωτική απόφαση από το ένα δικαστήριο, ενώ από το άλλο η υπόθεση να καταδικαστεί (άρθρο 83 του Καταστατικού).
Αυτό έχει ως αποτέλεσμα, ούτε η απόφαση του κρατικού δικαστηρίου να έχει επιρροή πάνω στην έκβαση των δικαστικών διαδικασιών των αγιορειτικών αρχών, ούτε η απόφαση του αγιορειτικού δικαστηρίου να αποτελεί οδηγό κατά την εξέταση της υπόθεσης από το κρατικό δικαστήριο.
