Τα ερείπια της πρώτης Αθωνιάδας διασώζονται στην παράκτια πλαγιά κοντά στη Μονή Βατοπεδίου. Το μέγεθός τους είναι εντυπωσιακό. Οι πτέρυγες, γύρω από το ναΐδριο του Προφήτη Ηλία, σχηματίζουν ένα ορθογώνιο, χρήσιμο για τη στέγαση σπουδαστών και καθηγητών, στα 170 κελλιά και τις επιμέρους αίθουσες διδασκαλίας που διέθετε το κτηριακό συγκρότημα. Η πρώτη Αθωνιάδα ιδρύθηκε το 1748/9 με πρωτοβουλία της Μονής Βατοπεδίου και του Οικουμενικού Πατριάρχη Κυρίλλου Ε', ως Αθωνιάς Ακαδημία, ενώ θεωρούνταν ίδρυμα τριτοβάθμιας εκπαίδευσης.
Ο 18ος αιώνας αποτελεί περίοδο οικονομικής ενίσχυσης του υπόδουλου Ελληνισμού. Η άνθηση αυτή αντανακλάται στο Άγιον Όρος με μεγάλης κλίμακας έργα ανοικοδόμησης και ανακαίνισης, τα οποία εκτελούνται σε όλες τις μονές από τα μέσα του ίδιου αιώνα και εξής. Η οικονομική άνθηση συνδέεται άμεσα με το εμπόριο και την ανάπτυξη των ελληνικών παροικιών των μεγάλων αστικών κέντρων του εξωτερικού. Έτσι, ο 18ος αιώνας φέρνει για πρώτη φορά τους υπόδουλους Έλληνες σε επαφή με τον δυτικό τρόπο ζωής και τους θεωρητικούς προβληματισμούς της ευρωπαϊκής κουλτούρας.
Οι ιδέες του ευρωπαϊκού Διαφωτισμού μεταλαμπαδεύονται στην Ανατολή, προκαλώντας ποικίλες πνευματικές επαναστάσεις, καθώς και την έντονη αντίδραση της Εκκλησίας. Η ίδρυση της Αθωνιάδας Ακαδημίας, τόσο πρώιμα μέσα στον 18ο αιώνα, αντανακλά την υψηλή προτεραιότητα που δινόταν στην παιδεία των υπόδουλων πληθυσμών. Αντανακλά επίσης το δέος με το οποίο οι τελευταίοι αντιμετώπιζαν τα επιτεύγματα της φιλοσοφίας και της επιστήμης των λαών της Δύσης. Διευθυντής της Αθωνιάδας διορίστηκε ο λόγιος Ευγένιος Βούλγαρης, ο οποίος δίδασκε φιλοσοφία. Μεταξύ άλλων, διδάσκοντες ήταν ο Νεόφυτος Καυσοκαλυβίτης (φιλολογία) και ο Παναγιώτης Παλαμάς (επιστήμες). Πάνω από την είσοδο της Αθωνιάδας, μιμούμενος τον αρχαίο Έλληνα φιλόσοφο Πλάτωνα, ο Βούλγαρης τοποθέτησε την επιγραφή «Γεωμετρήσων εισίτω· ου κωλύω - Τω μη θέλοντι συζυγήσω τας θύρας». Μεταξύ των σπουδαστών της Αθωνιάδας ήταν ο Άγιος Νεομάρτυρας Κοσμάς ο Αιτωλός και ο λόγιος Ιώσηπος Μοισιόδακας, ο οποίος αποτέλεσε αργότερα τον σχολάρχη της ελληνικής σχολής του Ιασίου.
Στην Αθωνιάδα φοίτησε ακόμη ο Ρήγας Φεραίος, ο οποίος διετέλεσε και δόκιμος μοναχός. Δυστυχώς, η θητεία του στον Άθω, καθώς και ο τρόπος με τον οποίο επηρεάστηκαν οι ιδέες της Χάρτας που ο ίδιος δημιούργησε αργότερα, δεν έχουν μελετηθεί επαρκώς. Η Χάρτα του Ρήγα Φεραίου προέβλεπε μια κοινοπολιτεία όλων των ορθοδόξων λαών της Βαλκανικής χερσονήσου, πράγμα που εμφανίζεται αρκετά συναφές με τη συμβίωση αλλοεθνών ορθοδόξων στην πολιτεία του Αγίου Όρους. Η λειτουργία της σχολής ήταν, βέβαια, βραχύβια. Ήδη το 1759 ο Βούλγαρης αποχώρησε, ενώ λίγο αργότερα (1809) η Αθωνιάδα έπαψε να λειτουργεί. Ο Μοισιόδακας θρήνησε για την εγκατάλειψή της: «Πού ο κλεινός Ευγένιος; Πού η πολυπληθής χορεία των μαθητών, ήτις εν χαρά της Ελλάδος πάσης συνεκρότει έναν νέο Ελικώνα Μουσών και μουσοτρόφων; Εφυγαδεύθη εκείνος, εφυγαδεύθη αυτή· βροντή νεμέσεως επέπεσε και εσκόρπισε διδάσκοντας και διδασκομένους, και η οικοδομή εκείνη, υπέρ της οποίας ο τοσούτος θρους εν τη βασιλευούση και εν τη λοιπή Ελλάδι, κατήντησεν οίμοι! η κατοικία, η φωλεά των κοράκων!». Κατά τον Βούλγαρη, υπαίτιες για την εγκατάλειψη αυτή ήταν οι φατρίες που δημιουργήθηκαν εντός του ιδρύματος. Ωστόσο, είναι μάλλον βέβαιο, πως τη λειτουργία του υπονόμευσαν οι ίδιοι οι αγιορείτες μοναχοί, η οποίοι θεωρούσαν πως ο Βούλγαρης δίδασκε τα έργα των δυτικών φυσιοκρατών φιλοσόφων που προήγαγαν την αθεΐα.
Πολλοί ιστορικοί θεωρούν το κλείσιμο της Αθωνιάδας μια μαύρη κηλίδα στην ιστορία του Αγίου Όρους, ενώ δεν διστάζουν ακόμη να μιλήσουν για σκοταδιστές μοναχούς, οι οποίοι μάχονταν τον Διαφωτισμό. Θα μπορούσε πράγματι να χαρακτηρίσει κανείς την αντίδραση των μοναχών ως μια πρώιμη έκφραση του φαινομένου της «πολιτιστικής επανάστασης», της απόρριψης της διανόησης από το πλήθος των λαϊκών ανθρώπων, πράγμα που προκάλεσε πλήθος διαφωνιών και αντιδράσεων κατά τον 20ό αιώνα. Οπωσδήποτε, το χάσμα μεταξύ των μορφωμένων και των εν πολλοίς αγράμματων μοναχών ήταν εκείνη την εποχή μεγάλο, ενώ ο μικρός αριθμός των λόγιων μοναχών δεν ήταν ικανός να σχηματίσει μια «κρίσιμη μάζα» που θα συνέχιζε με τη δική της ανεμπόδιστη ορμή.
Το κλείσιμο της Αθωνιάδας κατέπνιξε προσωρινά κάθε προοπτική ή φιλοδοξία να λειτουργήσει στο Άγιον Όρος ένα εκπαιδευτικό ίδρυμα αντίστοιχο των πανεπιστημίων της Οξφόρδης και του Καίμπριτζ. Όπως αναφέρει ο Robert Byron, ο Βρετανός περιηγητής που επισκέφθηκε τον Άθω λίγο μετά την αποφοίτησή του από την Οξφόρδη:
Όταν ο γοτθικός ρυθμός στράφηκε στο χρηστικό στοιχείο, κατάντησε ποταπός. Δείτε την Οξφόρδη και το Καίμπριτζ. Στο Άγιον Όρος είναι κανείς σε θέση να μελετήσει το ακριβές αντίστοιχο των αγγλικών πανεπιστημιακών κολλεγίων και ως προς τη χρονολογία ίδρυσης και ως προς την κάτοψη των κτηρίων. Ο Άθως κατόρθωσε αυτό που επιδιώκουν οι σύγχρονοι αρχιτέκτονες, να μπολιάσουν το χρηστικό, τους τοίχους που στεγάζουν την καθημερινή βιοπάλη, με μια αίσθηση που ξεφεύγει από το παρόν. Έτσι ακριβώς λειτουργούσε η θρησκεία στο Βυζάντιο, ενώ η εκκλησία των Λατίνων προσπαθούσε να επιτύχει ακριβώς το αντίθετο, να χωρίσει την Κυριακή από τις εργάσιμες μέρες... Αντίθετα απ' ό,τι συνέβη στη Δύση, τα μοναστήρια στην Ανατολή δεν ήταν κατά κύριο λόγο κέντρα γνώσης, αλλά υποδείγματα ενός ιδανικού κοινωνικού συστήματος, πράγμα που αντιλαμβάνονται και ο Buondelmonti και ο Belon, οι οποίοι γράφουν πριν ο δυτικός μοναχισμός δεχτεί την λαίλαπα της Μεταρρύθμισης. (Robert Byron, The Station. Athos, Treasures and Men, 1927)
Η Αθωνιάδα επαναλειτούργησε στις Καρυές ως σχολή, δηλαδή ως ίδρυμα δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης. Η λειτουργία της βέβαια ήταν πάντοτε ένα δύσκολο εγχείρημα. Στα τέλη του 19ου αιώνα ο λόγιος ιερομόναχος Γεράσιμος Σμυρνάκης διαμαρτύρεται για την ανεπάρκεια των διδασκόντων. Το 1930 η Αθωνιάδα μεταστεγάστηκε στο κτήριο που τη φιλοξενεί έως σήμερα ως Εκκλησιαστική Σχολή. Στα απομνημονεύματά του ο πρώην σχολάρχης επίσκοπος Ροδοστόλου Χρυσόστομος περιγράφει τα συχνά εμπόδια που κλήθηκε να αντιμετωπίσει. Επί της στρατιωτικής δικτατορίας (1967-74) ο πολιτικός διοικητής αρνούνταν να εγκρίνει το κονδύλιο για τη λειτουργία της γεννήτριας του κτηρίου, με αποτέλεσμα οι μαθητές να είναι αναγκασμένοι να διαβάζουν χρησιμοποιώντας γκαζόλαμπες.
Ο T. S. Eliot συνοψίζει την πορεία της ανθρώπινης σκέψης λέγοντας πως «αφήσαμε τη σοφία και μαγευτήκαμε από τη γνώση, αφήσαμε τη γνώση και γίναμε δέσμιοι της πληροφόρησης». Η επιβίωση του Αγίου Όρους δυόμισι αιώνες μετά το κλείσιμο της Αθωνιάδας μας αναγκάζει, ίσως, να διαπιστώσουμε την αντίφαση στην ύπαρξη των πρώτων σπερμάτων σοφίας των, κατά τα άλλα, αρνητών της Ακαδημίας στον Άθω.