Ruinele primei clădiri a Academiei Sfântului Munte — Athoniada — s-au păstrat pe versantul de coastă, în apropierea mănăstirii Vatoped. Dimensiunile lor sunt impresionante. În jurul bisericii profetului Ilie, aripile clădirii formează un dreptunghi, în interiorul căruia se aflau 170 de chilii pentru ucenici, precum și chilii pentru profesori și săli de clasă.
Athoniada a fost fondată pentru prima dată în anii 1748–1749, din inițiativa mănăstirii Vatoped și a Patriarhului Ecumenic Chiril al V-lea, devenind prima Academie athonită (după standardele de astăzi ar fi o instituție de învățământ superior).
Secolul al XVIII-lea a fost o perioadă de prosperitate economică pentru elenii înrobiți; această prosperitate s-a reflectat pe Muntele Athos prin proiecte de reconstrucție de amploare realizate în toate mănăstirile, începând cu mijlocul secolului. Boom-ul economic era legat direct de comerț și de dezvoltarea așezărilor grecești în marile centre din străinătate; prin urmare, secolul al XVIII-lea, pe lângă ascensiunea economică, i-a pus pentru prima dată pe grecii subjugați în contact cu modul de viață occidental și cu problemele sale intelectuale.
Ideile iluminismului occidental s-au răspândit spre Răsărit, provocând diverse tulburări intelectuale și reacții puternice din partea Bisericii. Întemeierea Academiei Athonite chiar la începutul secolului al XVIII-lea arată că educației i se acorda o importanță primordială; de asemenea, reflectă respectul cu care grecii asupriți priveau realizările științei și filosofiei apusene.
Directorul Athoniadei a fost numit învățătorul Evghenie Vulgaris, care preda filosofie; în cadrul academiei predau, de asemenea, Neofit Kavsokalivitul (filologie) și Panaghiotis Palamas (științe clasice). Deasupra intrării în Athoniada, imitând Academia lui Platon, Vulgaris a plasat inscripția:
„Γεωμετρήσων εισίτω· ου κωλύω — Τω μη θέλοντι συζυγήσω τας θύρας”
(adică: „Să intre cel care studiază geometria — nu-l voi împiedica; pentru ceilalți, voi închide porțile.”)
Printre elevii Athoniadei s-au numărat Sfântul Nou Mucenic Cosma Etolianul și filosoful Iosif Moesiodax, care avea să devină mai târziu directorul școlii grecești din Iași (România). La Athoniada a studiat și Rigas Feraios, care era, de asemenea, monah-novice. Rolul slujirii lui Rigas pe Athos și modul în care aceasta i-a influențat ideile Hărții lui Rigas («Harta lui Rigas» — o hartă geografică a Greciei), ce anticipa o comunitate a popoarelor ortodoxe din Peninsula Balcanică, nu au fost încă suficient cercetate, deși ideea era pe deplin potrivită pentru conviețuirea ortodocșilor de diferite neamuri pe Muntele Athos.
Școala a funcționat doar pentru o scurtă perioadă; încă din 1759, Vulgaris a părăsit-o, iar nu mult după aceea, în 1809, Academia Athonită și-a încetat cu totul activitatea.
Moesiodax deplângea cu amărăciune închiderea Athoniadei: «Unde ești tu, slăvite Evghenie? Unde este marele cor de studenți care, spre bucuria întregii Elade, aduna un nou Helicon — lăcaș al Muzelor și al ucenicilor lor? N-a mai rămas nimeni; tunetul a bătut și i-a risipit pe cei ce învățau și predau, iar clădirea pentru care s-a auzit acel tunet puternic în tot regatul și în toată Grecia a ajuns acum cuib de corbi!
Potrivit lui Vulgaris, cauza destrămării Academiei au fost fracțiunile create chiar în interiorul Athoniadei; cu toate acestea, astăzi se știe cu certitudine că funcționarea ei a fost subminată (și încă destul de eficient) chiar de către călugării athoniți, care considerau că Vulgaris preda lucrările filozofilor naturaliști occidentali, promotorii ateismului.
Mulți istorici consideră închiderea Athoniadei drept o pagină neagră în istoria Muntelui Athos și vorbesc despre călugării obscurantiști care s-au opus iluminismului. Se poate într-adevăr caracteriza reacția călugărilor ca o expresie timpurie a fenomenului „revoluției culturale”, adică distrugerea intelectualității — fenomen care avea să marcheze multe regimuri în secolul XX. În orice caz, prăpastia dintre cei instruiți și majoritatea călugărilor, care erau în mare parte neștiutori de carte, era enormă, iar numărul redus de oameni educați nu era suficient pentru a forma o „masă critică” care să-și poată urma nestingherită propriul drum.
Închiderea Athoniadei a anulat orice perspectivă sau posibilitate de organizare pe Muntele Athos a unei instituții de învățământ echivalente unor universități, precum Oxford sau Cambridge. Dar să oferim cuvântul unui călător britanic care a vizitat Muntele Athos la scurt timp după ce a absolvit Oxfordul:
„Când stilul gotic s-a transformat în utilitarism, a devenit disprețuit: priviți spre Oxford și Cambridge. Pe Muntele Athos se poate studia un echivalent exact al colegiilor universitare engleze — atât ca dată de întemeiere, cât și ca structură. Athosul a atins ceea ce urmăresc arhitecții moderni: să insufle utilitarului — pereților în care se desfășoară rutina zilnică — un sentiment a desprinderii de prezent. Exact așa funcționa religia în Bizanț. În timp ce Biserica Latină încerca să obțină exact contrariul: să separe duminica de zilele lucrătoare... Spre deosebire de Apus, mănăstirile din Răsărit nu au fost în primul rând centre de cunoaștere, ci modele ale unei organizări sociale ideale. Acest lucru îl înțelegeau Buondelmonti și Belon, care scriau înainte ca monahismul occidental să fie supus influenței distructive a Reformei.”
(Robert Byron, „Stația. Athos”, „Comori și oameni”, 1927)
În 1845, Athoniada a fost redeschisă în centrul Sfântului Munte — orașul Karyes — ca o școală (adică o instituție de învățământ secundar). Activitatea ei nu a fost continuă; la sf. sec. al XIX-lea, cercetătorul Gherasim Smirnachis se plângea de inadecvarea corpului profesoral. În 1930, Athoniada a fost mutată la locul ei actual, lângă schitul Sfântului Andrei.
În memoriile sale, fostul director al Athoniadei, episcopul Hrisostomos al Rodostolului, descrie numeroasele obstacole cu care s-a confruntat școala: în timpul dictaturii militare (1967–1974), guvernatorul civil a refuzat să aprobe bugetul pentru funcționarea generatorului, astfel că elevii au fost nevoiți să citească la lumina lămpilor cu gaz.
T. S. Eliot rezumă parcursul gândirii umane spunând că „am abandonat înțelepciunea, fiind fermecați de cunoaștere; am abandonat cunoașterea și am devenit prizonieri ai informației”. Dacă înțelepciunea este acea cunoaștere care îți permite să supraviețuiești, atunci, supraviețuirea Muntelui Athos la două secole și jumătate după închiderea Athoniadei ne-ar putea face să vedem câteva semințe de înțelepciune în refuzul athoniților de a păstra academia.
