Οι μοναχοί του Αγίου Όρους απαλλάσσονται από τις στρατιωτικές τους υποχρεώσεις, όπως επιβεβαιώνεται εγγράφως από τις διατάξεις του Καταστατικού του Άθω, καθώς και από την αντίστοιχη νομοθετική πράξη.
I. Στο Καταστατικό ορίζεται πως για να γίνει κανείς μοναχός, καλείται να είναι άνω των δεκαοκτώ ετών και να έχει περάσει από δοκιμασία που διαρκεί από ένα έως τρία έτη. «Ο μοναχός που έχει περάσει από τη μοναχική κουρά με τον τρόπο αυτό δεν υπόκειται σε καμία στρατιωτική θητεία» (άρθρο 93 Κ.). Η ίδια διάταξη επαναλαμβάνεται και στην αντίστοιχη νομοθετική πράξη, όπου αναφέρεται πως: «Οι μοναχοί του Αγίου Όρους απαλλάσσονται της στρατιωτικής υπηρεσίας» (άρθρο 38 της νομοθετικής πράξης της 10/16 Σεπτεμβρίου 1926).
Οι δύο αυτές διατάξεις αναφέρονται στο ίδιο θέμα. Ωστόσο, προβλήματα νομιμότητας μπορεί να προκύψουν εάν ο μοναχός περάσει ως δόκιμος λιγότερο χρόνο από αυτόν που ορίζεται στο άρθρο 93 του Καταστατικού. Στην περίπτωση αυτή, θα πρέπει να εφαρμοστεί η διάταξη του άρθρου 38 της νομοθετικής πράξης της 10/16 Σεπτεμβρίου 1926, όπου δεν γίνεται αναφορά σε επιπλέον προϋποθέσεις προκειμένου να χορηγηθεί απαλλαγή των στρατιωτικών υποχρεώσεων σε έναν μοναχό (καθώς, κατά γενική ομολογία, όταν οι διατάξεις του Καταστατικού και της επιβεβαιωτικής νομοθετικής πράξης είναι σε συμφωνία με το αρχαίο προνομιακό καθεστώς του Αγίου Όρους, αλλά προβλέπουν διαφορετικές ρυθμίσεις, τότε προτιμάται η διάταξη της επιβεβαιωτικής νομοθεσίας (βλ. επίσης άρθρο 1 της νομοθετικής πράξης της 10/16 Σεπτεμβρίου 1926).
Γίνεται προφανές πως η απαλλαγή από τη στρατιωτική θητεία δεν ίσχυε εξίσου και για τους δοκίμους. Η απαλλαγή τους προστέθηκε με τον νόμο αριθμ. 1763/1988, ο οποίος αποτελεί ευγενική παραχώρηση των νομοθετών προς τους υποψήφιους μοναχούς.
II. Ο κανόνας τροποποιήθηκε με τον νόμο αριθμ. 3421/2005, όπου ορίστηκε πως το δικαίωμα απαλλαγής από τη στρατιωτική θητεία αφορά μόνο τους αλλοδαπούς που μονάζουν στο Άγιον Όρος, και συνεπώς, εμμέσως πλην σαφώς, αφαιρέθηκε το ίδιο δικαίωμα από τους Έλληνες, οι οποίοι αποτελούν και την πλειοψηφία των αγιορειτών μοναχών (άρθρο 13 και 7 του νόμου αριθμ. 3421/2005).
Η εν λόγω απόφαση προκάλεσε, φυσικά, δικαιολογημένη δυσαρέσκεια που τελικά οδήγησε στην ανάδειξη ενός διοικητικού ζήτηματος, το οποίο τέθηκε προς το Νομικό Συμβούλιο του Κράτους. Μεταξύ άλλων, διατυπώθηκαν ερωτήματα σχετικά με το αν το άρθρο 105 παρ. 3 του Συντάγματος και ο Καταστατικός Χάρτης του Αγίου Όρους έχουν ποιότητα νομοθετικής πράξης ανώτερης νομικής ισχύος, η οποία υπερβαίνει τους κρατικούς νόμους που θεσπίζονται σύμφωνα με το άρθρο 73 και εξής του Συντάγματος. Ακόμη, διατυπώθηκε το ερώτημα εάν ο ισχύων νόμος σε σχέση με τη στρατιωτική υποχρέωση των μοναχών δύναται να αναιρέσει τη διάταξη του άρθρου 93 του Καταστατικού.
Το Νομικό Συμβούλιο του Κράτους αποφάσισε πως το Καταστατικό του Αγίου Όρους έχει ανώτερη νομική ισχύ σε σύγκριση με τη στρατιωτική νομοθεσία, και επομένως, η διάταξη του άρθρου 93 του Καταστατικού, καθώς και η αντίστοιχη διάταξη του άρθρου 38 της νομοθετικής πράξης της 10/16 Σεπτεμβρίου 1926, οι οποίες προβλέπουν την απαλλαγή των αγιορειτών μοναχών από τις στρατιωτικές υποχρεώσεις, δεν δύνανται να καταργηθούν από το άρθρο 13 παρ. 6 του νόμου αριθμ. 3421/2005 (Απόφαση του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους 245/2008. Τ. 3: Κανονικό Δίκαιο 1/2009. Σ. 204 και εξής, σημειώσεις Α. Κόνδη). Στην απόφαση αναφέρεται επίσης πως, για λόγους τάξης και σεβασμού προς τους κρατικούς νόμους, είναι απαραίτητο να επιβεβαιωθεί νομοθετικά ότι η διάταξη του άρθρου 13 παρ. 6 του νόμου αριθμ. 3421/2005 δεν έχει ισχύ για τους Έλληνες που γίνονται δεκτοί στο Άγιον Όρος ως δόκιμοι ή μοναχοί.
III. Οι κυβερνητικές αρχές αποδέχτηκαν την απόφαση του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους και ο Υπουργός Άμυνας εξέδωσε απόφαση (Φ.429.1/62/156893/28.7/28.8.2008) (με αναδρομική ισχύ), στην οποία καθορίστηκε πως οι μοναχοί και οι δόκιμοι του Άθω απαλλάσσονται από τις στρατιωτικές τους υποχρεώσεις, εφόσον το επιθυμούν.
Ωστόσο, σύντομα προέκυψαν αμφιβολίες σχετικά με το εάν η έκδοση της απόφασης αυτής συνιστά υπέρβαση των νομοθετικών εξουσιών που προβλέπονται στο άρθρο 30 παρ. 1 του νόμου αριθμ. 3421/2005. Το ζήτημα επιλύθηκε με το άρθρο 77 του νόμου αριθμ. 3383/2010, μέσα από το οποίο η στρατιωτική νομοθεσία προσαρμόστηκε στο Καταστατικό του Αγίου Όρους και στη νομοθετική πράξη που το επιβεβαιώνει. Έτσι, διατυπώθηκε οριστικά πως «οι μοναχοί και οι δοκίμοι που ασκούν τον μοναχισμό στο Άγιον Όρος, εφόσον το επιθυμούν» απαλλάσσονται από τη στρατιωτική θητεία.
IV. Η απαλλαγή των μοναχών του Άθω από τη στρατιωτική θητεία βασίζεται στην ανάγκη «να μην αποσπώνται οι μοναχοί από τις απαιτήσεις της μοναστικής ζωής», ενώ, από μια άλλη οπτική, αποτελεί ατομικό προνόμοιο των αγιορειτών μοναχών.
Ο σκοπός των προνομίων αυτών είναι, πρώτον, η διατήρηση του μακραίωνου και αμετάβλητου, προνομιακού, ιδιαίτερου και εξαιρετικού καθεστώτος του Αγίου Όρους, καθώς και η συνέχιση της παράδοσής του. Επιπλέον, στο ίδιο το Καταστατικό υπάρχει ειδική αναφορά στα προνόμια που απολαμβάνει ο Άθως: «Το Άγιον Όρος απολαύει, κατά τα ανέκαθεν κρατούντα, ειδικών προνομίων και ασυδοσιών, ως ταύτα συγκεκριμένως διατυπούνται εν διατάξεσι του παρόντος Καταστατικού Χάρτου.» (άρθρο 12 Κ.).