На территории Святой Горы явно различается административное устройство монашеского государства, состоящего из двадцати священных монастырей, от административного устройства каждого из этих монастырей. Следовательно, речь может идти о центральных и местных органах управления. Некоторые авторы говорят об органах первого и второго уровня самоуправления.
На центральном уровне самоуправлением Афона занимаются Священный Кинот, Священная Эпистасия и Чрезвычайные священные собрания. На местном уровне управление монастырями принадлежит: общежительными — игумену, герондии (духовному собору) и эпитропии (комиссии); особножительными, когда они существовали — управляющей эпитропии (комиссии) и собранию старейшин. В этой связи речь пойдет также об управлении зависимых от монастырей учреждений, прежде всего скитов, как общежительных, так и особножительных, а также о метохах афонских монастырей.