Традиция утверждает, что на самом восточном из трех полуостровов Халкидики, где царствует гора Афон, уже с IV в. встречались не только отшельники, но и организованные монашеские общины; однако исторически достоверная информация о распространении монашества в этом районе появляется начиная с IX в. Приблизительно к середине века относятся точные свидетельства о присутствии здесь монахов, а к концу века — о появлении первого монастыря, основанного Иоанном Кодовом близ Иерисса (Йериссоса).
Император Василий I Македонянин (867-886) хрисовулом 883 г. даровал монахам Святой Горы своего рода независимость от местных гражданских и церковных властей. Параллельно с этим сами монахи, число которых стремительно увеличивалось в этом регионе (столь удобно расположенном и изобилующем природными красотами), учредили примерно в середине X в. некое центральное управление и назначили собрания глав монашеских общин Святой Горы в Карее трижды в год, а именно: на Пасху, в праздник Успения и на Рождество.
I. Появление общежительного устройства и учреждение первых общежительных обителей (киновий) связано, прежде всего, с именем Афанасия Афонского, который, при помощи императора Никифора Фоки (963-969), основал Великую Лавру.
К этим же годам относится и появление первых уставов (типиконов) Святой Горы. Первым был Устав Афанасия Афонского (ок. 970 г.), образцом для которого послужил Устав Студийского монастыря в Константинополе. За ним последовали Диатипосис (Завещание) и Ипотипосис (Предписание) того же автора, также имеющие уставной характер, и Типикон императора Иоанна Цимисхия (972 г.), известный также под названием «Трагос», так как он был написан на пергамене, выделанном из козлиной шкуры (с греческого трссуод переводится как «козел» — Примеч. пер.). Этот типикон решал важные административные вопросы, а также вопросы, связанные со статусом всей Святой Горы, и устанавливал самоуправление Святоименной Горы и всех ее обителей.
II. В византийскую эпоху появились и другие типиконы, касающиеся распорядка жизни на Святой Горе. Один из них издал император Константин IX Мономах в 1045 г., другой — Мануил II Палеолог в 1406 г. В первом рассматривались в основном вопросы экономического характера, вызывавшие распри между монахами Святой Горы. Во втором, который стал последним законодательным документом Византийской империи, касающимся управления Святой Горой, был поднят вопрос об идиоритмии (особножительстве). Данное явление впервые возникло именно в эту эпоху; речь идет о возможности для монахов жить со своей собственностью, отдельным питанием и особенным укладом жизни, что шло вразрез с правилами общежития.
III. За кратким периодом сербского владычества во время правления Стефана Душана (1331-1355) и возвращения под власть византийских императоров в 1350 г. при Иоанне Кантакузине последовала эпоха османского владычества, длившегося в течение четырех веков.
Однако еще до того, как османы добрались до этого района, Афону удалось договориться с султаном Муратом II, так что у Святой Горы сохранились все привилегии и имущество, и она могла спокойно существовать при османском владычестве. Поэтому, когда в 1423-1424 гг. Святая Гора окончательно перешла во владение Османской империи, новая государственная власть сохранила за монастырями право самоуправления. Кроме того, монахи обратились к султану с просьбой (которая очень быстро была выполнена) издать фирманы, подтверждающие все их права и привилегии (фирман — это приказ, издаваемый от лица султана и имеющий его тугру, то есть специальный знак с именем правящего султана и его отца).
Конечно же, все эти уступки не прошли даром. Монастыри были обложены суровыми налогами, так что святогорские отцы вынуждены были просить помощи, экономической и не только, главным образом у православных правителей придунайских государств. И хотя те с радостью откликнулись на просьбы о помощи, экономический гнет был настолько невыносим, что вскоре на Святой Горе наступил экономический спад, а за ним и духовное угасание, так что к XVIII в. на Афоне не осталось общежительных монастырей.
Ситуацию ухудшила также и позиция, которую заняли афонские монахи во время революции 1821 г.: они деятельно участвовали в восстании, которое развернулось на полуострове Халкидики под руководством Еммануила Папаса. В наказание османская армия вторглась на Святую Гору, разграбила и опустошила монастыри; в Карее впервые был поставлен султанский каймакам (местоблюститель), а оставшееся афонское имущество было обложено суровейшими налогами.
IV. Взаимоотношения Святой Горы с правящей Церковью и в особенности с Вселенским Патриархатом в Константинополе всегда являлись тонким и сложным церковно-политическим вопросом. Конечно, этот вопрос сейчас имеет только историческое значение, потому что эти отношения регулируются как Конституцией Греции, так и уставным законодательством Святой Горы.
То, что уже в первых актах византийских императоров, касающихся Афона, за монастырями Святой Горы были закреплены автономия и самоуправление и им была дарована привилегия не подчиняться какой-либо политической и/или церковной власти, естественно, означало, что местный Иерисский епископ не мог вмешиваться в дела Святой Горы. Это создавало трения между епископом Иерисса (в титуле которого позднее появилось дополнение «и Святой Горы») и протом Святой Горы, который на первых этапах ее истории как бы обладал центральной властью.
В начале XIV в., как кажется, впервые патриарх Афанасий I поднял вопрос о подчинении Афона какой-либо церковной власти. Вселенский Патриарх начинает играть важную роль в жизни Святой Горы в 1312 г., после издания хрисовула императора Андроника II Палеолога, который совпал по времени с сигиллием Патриарха Нифонта, затронувшего тот же вопрос. Этим хрисовулом Вселенскому Патриарху была дана власть утверждать кандидатуру (избираемого) прота Святой Горы и право лишать его этого поста в случае, если он сочтет прота недостойным.
С тех пор Афон духовно находится в подчинении Константинопольского патриарха. Однако позднее это подчинение в целом и объем власти Константинопольского Патриархата в частности не раз оспаривались как епископом Иерисса, так и святогорскими отцами.
После издания Мануилом Палеологом третьего Типикона Святой Горы (см. выше и. II) появлялись и другие типиконы, утверждение которых в связи с наступлением периода османского владычества брали на себя Вселенские Патриархи. Так, патриарх Иеремия II в 1574 г. утвердил своим сигиллием четвертый Типикон, который вновь касался все более распространявшегося особножительства. Пятый Типикон был издан в 1784 г. в виде патриаршей грамоты патриарха Гавриила IV, а утвержден спустя десятилетие, в 1793 г., патриархом Неофитом VII; он касался уставных и экономических вопросов.
XIX в. ознаменовался спорами святогорцев с Константинопольской Церковью. Показателен для понимания царившей ситуации тот факт, что в 1810 г. афонские отцы составили шестой Типикон Святой Горы, который отправили на утверждение турецкому наместнику Салоник, а не Вселенскому Патриарху. Этот устав вносил серьезные изменения в организацию жизни Святой Горы: управление Афоном передавалось Священному Киноту, а также Священной Эпистасии, а должность прота Святой Горы была упразднена окончательно.
Вслед за этим Великая Церковь выступила с инициативой составления «Главных канонизмов (нормативных актов) Святой Горы». Святогорцы не приняли этого предложения, и несмотря на то что в 1876 г. при патриархе Иоакиме II был издан соответствующий акт, утвержденный османским правительством, он не был принят афонскими монахами, которые составили свой вариант, но и он не был воплощен в жизнь.
Наконец в 1912 г., при Иоакиме III, в результате совместной работы святогорских отцов и Патриархата были составлены «Главные канонизмы», утвержденные Священным Синодом Вселенского Патриархата. Эти акты не были утверждены ни Османской империей, ни Греческим государством из-за начавшихся военных действий и последующего освобождения Святой Горы от османской власти.