Εσωτερική διοίκηση
Κατά τα πρώτα χρόνια της τουρκοκρατίας, η εσωτερική διαχείριση των υποθέσεων του Αγίου Όρους βρισκόταν σε κατάσταση χάους. Οι δεσμοί με τη βυζαντινή κεντρική εξουσία χάθηκαν ανεπιστρεπτί μετά το 1453, όπως και οι δεσμοί με το Πατριαρχείο, οι οποίοι χρειάστηκε αρκετός χρόνος για να αποκατασταθούν. Οι ίδιοι οι Αθωνίτες δεν ήταν πρόθυμοι να αναζητήσουν προστάτη μεταξύ των Τούρκων. Παρόλο που το 1452 ο πασάς της Θεσσαλονίκης συγκάλεσε συμβούλιο αποτελούμενο από τον Πρωτεπιστάτη του Αγίου Όρους και τους επισκόπους Κασσανδρείας και Ιερισσού για να επιλύσει τη διαφωνία μεταξύ των μονών Ξενοφώντος και Ζωγράφου, η παρέμβαση στις υποθέσεις του Άθωνα ήταν μικρή.
Η κατάσταση ήταν χαοτική λόγω της αδυναμίας των μοναστηριών να αυτοδιοικηθούν και της έλλειψης μοναχών. Οι ατελείωτες εισβολές στον Άθωνα, οι απαγωγές μοναχών, η φυγή του χριστιανικού πληθυσμού, το παιδομάζωμα, η φτώχεια των μοναστηριών και άλλοι αρνητικοί παράγοντες άφησαν τα σημάδια τους στην εσωτερική λειτουργία του Αγίου Όρους.
Διαχείριση των μονών
Η ακμή του ησυχαστικού κινήματος, που οδήγησε σε αύξηση του αριθμού των σκητών, καθώς και η αύξηση του αριθμού των ξένων μοναχών που δεν ήταν συνηθισμένοι στον κοινοβιακό τρόπο ζωής, συνέβαλε στην εδραίωση του ιδιόρρυθμου μοναχισμού στο Άγιο Όρος. Η έλλειψη μοναχών ήταν επίσης ένας σημαντικός παράγοντας που δυσχέραινε την ύπαρξη μεγάλων μοναστηριών, τα οποία απαιτούσαν μεγάλο αριθμό ανθρώπων για τη συντήρησή τους. Έτσι, η ιδιορρυθμία επικράτησε όχι μόνο στη Λαύρα, αλλά και σε άλλα μοναστήρια του Αγίου Όρους.
Ο βαθμός του ηγουμένου έπαψε να υφίσταται- αντικαταστάθηκε από την Κοινότητα των μοναστηριών. Αντί του Πρωτεπιστάτη υπήρχε πλέον η Ιερά Επιστασία και ο αριθμός των οργανωμένων σκητών, κελιών και καλυβών αυξήθηκε. Το αξίωμα του ηγουμένου απαιτούσε μεγάλες ευθύνες, τις οποίες δεν δέχονταν όλοι οι μοναχοί να αναλάβουν μέχρι το τέλος της ζωής τους, ιδίως σε αυτή τη δύσκολη περίοδο της ιστορίας. Επιπλέον, αποσυρόμενος από την κοσμική ζωή, ο μοναχός προσπαθεί να αποφύγει την επαφή με τις εκφάνσεις του υλικού κόσμου. Τις πρώτες δεκαετίες μετά την πτώση της Κωνσταντινούπολης, οι ηγούμενοι σπάνια εμφανίζονταν στα αγιορείτικα μοναστήρια και τα καθήκοντά τους εκτελούσαν άλλοι μοναχοί που υπηρετούσαν στη μονή και δεν έφεραν την ιδιότητα του ηγουμένου, καθώς, χωρίς να περάσουν από την υποχρεωτική διαδικασία εκλογής στο αξίωμα, δεν μπορούσαν να χειροτονηθούν από τον Πρώτο ή τον Πατριάρχη.
Σε μια συνέλευση της Κοινότητας του Αγίου Όρους το 1661, με τη συμμετοχή εκπροσώπων όλων των μοναστηριών, μόνο 6 από τους 38 παρόντες μοναχούς ονομάστηκαν ηγούμενοι, αν και στην πραγματικότητα ακόμη και αυτοί οι 6 μοναχοί μπορεί να μην ήταν ηγούμενοι, καθώς είναι πιθανό ότι εκείνη την εποχή δεν υπήρχαν καθόλου κοινοβιακά μοναστήρια στον Άθωνα. Πράγματι, το αξίωμα του ηγουμένου είναι αρκετά σπάνιο σε αυτή την ιστορική περίοδο και φαίνεται ότι οι κυριότερες μονές διόριζαν έναν από τους άξιους μοναχούς ως ηγούμενο για ένα διάστημα, επειδή ο ηγούμενος ή ο προηγούμενος κατά τη διάρκεια της ιεραποστολικής εκστρατείας μπορούσε να συγκεντρώσει τον μεγαλύτερο αριθμό δωρεών. Αυτός είναι ο λόγος για τον οποίο η συνέλευση του 1661 αναφέρει επίσης έναν μεγάλο αριθμό προηγουμένων, αλλά όχι ηγουμένων.
Η κατάσταση αυτή οφειλόταν στο γεγονός ότι κατά την περίοδο της τουρκοκρατίας ήταν πρακτικά αδύνατο για τον ηγούμενο ενός μοναστηριού να είναι ταυτόχρονα ο πνευματικός ηγέτης των μοναχών και υπεύθυνος για όλες τις κοσμικές υποθέσεις, ενώ παράλληλα αγωνιζόταν για την επιβίωση του μοναστηριού. Από τα μέσα του 18ου αιώνα ο βαθμός του ηγουμένου στο Άγιον Όρος εξαφανίστηκε εντελώς, ενώ επανεμφανίστηκε σε ορισμένα μοναστήρια 120 χρόνια αργότερα. Η θητεία των επιστατών της μονής ήταν συνήθως ένα έτος, αλλά στην πραγματικότητα το ίδιο πρόσωπο μπορούσε να εκτελεί τα καθήκοντα αυτά για πολλά χρόνια. Έτσι, στα σημαντικά μοναστήρια, κάθε μοναχός ήταν υπεύθυνος για την οργάνωση της ζωής του, χωρίς να λαμβάνει τις κατάλληλες οδηγίες από τον ηγούμενο που βρισκόταν ψηλότερα στην ιεραρχία.
Πρώτος και Σύναξη
Το αξίωμα του Πρώτου συνεχίστηκε και μετά την τουρκική κατάκτηση, αλλά η θητεία μειώθηκε σε ένα έτος. Ο Πρώτος, όπως και προηγουμένως, μοιραζόταν την εξουσία με τη Σύναξη των Γερόντων του Αγίου Όρους (Ιερά Κοινότητα), η οποία συγκαλείτο ανάλογα με τις ανάγκες. Ο Πρώτος, μαζί με τη Σύναξη, διευθετεί τις διαφορές μεταξύ των μοναστηριών, διαθέτει τα κελιά της Μεγίστης Λαύρας και εκπροσωπεί το Άγιο Όρος απέναντι στην τουρκική εξουσία, η οποία ονομάζεται ναζίρ (φύλακας). Ενώ προηγουμένως το κύριο καθήκον του ήταν να κατανέμει τις χορηγίες του αυτοκράτορα μεταξύ των ηγουμένων των μοναστηριών και των γερόντων των κελιών, τώρα ήταν το αντίστροφο - να εισπράττει τους φόρους και τα τέλη που επέβαλαν οι εισβολείς.
Η συνέλευση της Σύναξης, που συχνά χαρακτηρίζεται ως Μεγάλη Σύνοδος ή Ιερά Κοινότητα, συνεχίζει να πραγματοποιείται σε μόνιμη βάση, παρά την αλλαγή των προσώπων που συμμετέχουν, ενώ ο Πρώτος αλλάζει ετησίως. Ως αποτέλεσμα, ο ρόλος της Κοινότητας άρχισε σταδιακά να εκτιμάται πολύ περισσότερο από αυτόν του Πρώτου. Το γεγονός ότι υπό τις τότε συνθήκες ο Πρώτος δεν είχε πλέον τη δυνατότητα να ταξιδέψει στην Κωνσταντινούπολη για να χειροτονηθεί από τον Πατριάρχη, όπως απαιτούσαν οι παλαιές παραδόσεις, έπαιξε επίσης ρόλο. Βέβαια, ένα τέτοιο ταξίδι θα διαρκούσε μήνες και η υπηρεσία του Πρωτεπιστάτη του Αγίου Όρους, που ήταν ήδη σύντομη, θα μειωνόταν σχεδόν στο μισό.
Περιστασιακά, επίσκοποι έρχονταν στο Άγιο Όρος για να προεδρεύουν κατά καιρούς στις συνάξεις της Κοινότητας. Αυτό συνέβαινε ιδιαίτερα με τον επίσκοπο της Ιερισσού. Είναι απολύτως λογικό ότι η συνεχής παρουσία του επισκόπου στις Καρυές προκαλούσε δυσαρέσκεια στους μοναχούς, καθώς του έδινε την εξουσία να παρεμβαίνει στις εσωτερικές υποθέσεις των μοναστηριών. Μόλις η εξουσία του Πρώτου εξασθενούσε ή η επικοινωνία με την Κωνσταντινούπολη διακόπτονταν, ο επίσκοπος Ιερισσού ταξίδευε αμέσως στο Άγιο Όρος. Σε ένα από τα Τυπικά αποκαλείται επίσκοπος Ιερισσού και Αγίου Όρους. Ο Πατριάρχης Κύριλλος Α΄ το 1622 απαγόρευσε στον επίσκοπο Ιερισσού "να θεωρεί το Άγιο Όρος ως επισκοπή του". Τον ίδιο αιώνα ίδρυσε μοναστήρι στην παραλία, κοντά στη μονή του Αγίου Παντελεήμονα και το αφιέρωσε στην Ανάληψη του Κυρίου. Ο Πατριάρχης Διονύσιος Δ' το 1676 παραχώρησε στη μονή αυτή το καθεστώς της Σταυροπηγιακής. Έτσι, ο επίσκοπος Ιερισσού απέκτησε ακόμη μεγαλύτερη επιρροή στο Άγιο Όρος και οι Πατριάρχες τον προσφωνούσαν στις επιστολές τους σαν να ήταν ο εκπρόσωπος της ανώτατης αρχής του Αγίου Όρους.
Ο Κοινοβιακός τρόπος ζωής επί Τουρκοκρατίας
Η σταδιακή αποξένωση του Αγίου Όρους από το Πατριαρχείο, που άρχισε το 1424, συνεχίστηκε μέχρι τα μέσα του 15ου αιώνα και οδήγησε στην αποδυνάμωση πολλών καθιερωμένων διοικητικών θεσμών. Ούτε οι ηγούμενοι, ούτε καν οι Πρώτοι, μετά την κατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Τούρκους, είχαν τη δυνατότητα να έρχονται στην πρωτεύουσα για χειροτονία. Ο Πατριάρχης Ιωακείμ Α' Αθηνών, προσπαθώντας να αναβιώσει τις παλαιότερες παραδόσεις, εξέδωσε το 1498 διάταγμα σύμφωνα με το οποίο δύο εκπρόσωποι της διοίκησης του Αγίου Όρους έπρεπε να προσέλθουν ενώπιον του Πατριάρχη για χειροτονία.
Ο Πατριάρχης Ιερεμίας Β΄ Τρανός, ο οποίος βρισκόταν στη Θεσσαλονίκη το 1573, συγκάλεσε συνάντηση στην οποία συμμετείχαν οι Αγιορείτες και ο Πατριάρχης Αλεξανδρείας Σύλβεστρος, όπου αποφασίστηκε να σταλεί ο Σύλβεστρος στο Άγιον Όρος για να εκτιμήσει την κατάσταση. Ο Σύλβεστρος αποφάσισε να επαναφέρει το κοινοβιακό σύστημα στις μονές της Μεγίστης Λαύρας και του Βατοπεδίου, οι οποίες για πολλά χρόνια ασκούσαν τον ιδιόρρυθμο μοναχισμό. Ο Πατριάρχης συγκάλεσε έκτακτη σύναξη της Κοινότητας του Αγίου Όρους με τη συμμετοχή του Πρώτου, των Γερόντων και του Επισκόπου Ιερισσού. Το αποτέλεσμα της συνεδρίασης αυτής ήταν το Τυπικόν του Ιερεμία Β΄. Το Τυπικό αυτό, όπως και τα επόμενα, εκδόθηκε από τον Πατριάρχη ως τον μοναδικό εναπομείναντα προστάτη του Αγίου Όρους. Το κύριο χαρακτηριστικό αυτού του εγγράφου ήταν η επιστροφή στις παλιές παραδόσεις και στην κοινοβιακή τάξη.
Το Τυπικό κατοχύρωσε το καταστατικό του κοινοβίου και επέτρεψε την ιδιορρυθμία μόνο σε κελιά και καλύβες. Στα μετόχια (εδάφη που ανήκαν στον Άθωνα εκτός των ορίων του) απαγορευόταν στις γυναίκες να γίνουν μοναχές, στους κατοίκους των κελιών απαγορευόταν να εγκαταλείψουν το Άγιο Όρος, στον ίδιο τον Άθωνα απαγορευόταν η γεωργία, εκτός από την καλλιέργεια σταφυλιών, σιτηρών και καλλιεργειών απαραίτητων για τη διατροφή των ζώων. Ξεχωριστές ρήτρες όριζαν την απαγόρευση της συγκομιδής κάστανων προς πώληση, καθώς και την πλαστογράφηση εγγράφων για την κυριότητα οικοπέδων. Πιθανώς μετά από πολλές καταστροφές πολλά έγγραφα χάθηκαν και οι μοναχοί προσπάθησαν να τα ανακατασκευάσουν από μνήμης, γεγονός που προκάλεσε σύγχυση στα όρια των ιδιοκτησιών των μοναστηριών. Οι μοναχοί θα έπρεπε να ζουν με αρμονία, ειρήνη και αγάπη.
Έτσι, το σύστημα των κοινοβίων καθιερώθηκε και πάλι στο Άγιο Όρος και όχι μόνο, με εξαίρεση δύο μοναστήρια. Παρ' όλα αυτά, μετά το 1575 παρατηρήθηκε μια γενική πτώση σε όλους τους τομείς δραστηριότητας στο Άγιο Όρος, η οποία οφειλόταν στην αυστηροποίηση του ελέγχου εκ μέρους των τουρκικών αρχών, καθώς και στην επιδείνωση της οικονομικής κατάστασης και στους πολυάριθμους πολέμους στους οποίους είχαν εμπλακεί οι Οθωμανοί. Η απαλλοτρίωση των εδαφών του Άθω από τον σουλτάνο Σελίμ Β' συνέβαλε επίσης στην παρακμή αυτή, καθώς οι μοναχοί αναγκάστηκαν να δανειστούν μεγάλα ποσά για να εξαγοράσουν τις ιδιοκτησίες τους. Τα προβλήματα αυτά ακολουθήθηκαν από τη διάλυση της Μεγίστης Λαύρας των Καρυών και την κατάργηση του αξιώματος του Πρώτου. Έτσι, η αποκατάσταση του κοινοβιακού μοναχισμού στον Άθωνα δεν κράτησε πολύ.
Η Ιερά Κοινότητα
Ο τελευταίος γνωστός Πρωτεπιστάτης του Αγίου Όρους, ο Κάλλιστος, αναφέρεται το 1593 και όλα τα επόμενα επίσημα έγγραφα που στάλθηκαν στο Άγιο Όρος και απευθύνονταν στον Πρώτο δεν αναφέρουν κανένα όνομα. Μέχρι το 1661 υπάρχει το αξίωμα του Πρώτου για το Πατριαρχείο, αφού δεν καταργήθηκε επίσημα, αλλά η απουσία οποιουδήποτε ονόματος υποδηλώνει ότι ήδη μετά το 1593 ο Άθως έμεινε χωρίς επικεφαλής. Σίγουρα, ο εκπρόσωπος της τουρκικής εξουσίας στο Άγιο Όρος, που είχε εγκατασταθεί εκεί από το 1575, δεν ήθελε να ανταγωνιστεί σε εξουσία τις τοπικές αρχές. Είναι γνωστές περιπτώσεις κατά τις οποίες ο Τούρκος αγάς (στρατιωτικός διοικητής) προήδρευε στις συνεδριάσεις της Κοινότητας του Αγίου Όρους και αναφερόταν ως πρωτοστάτης. Δεν ήταν τυχαίο ότι ο αγάς εγκαταστάθηκε στις Καρυές στο κτίριο της Συνάξεως, καθώς οι Τούρκοι ήθελαν να έχουν πάντα το πάνω χέρι και να είναι ενήμεροι για τα γεγονότα στο Άγιο Όρος, όπου ήταν παρών ο επόπτης τους, υπεύθυνος για τη φορολογία και την τάξη. Η διάλυση της Μεγίστης Λαύρας ήταν επίσης συνέπεια της πολιτικής των κατακτητών, οι οποίοι χώρισαν το Άγιο Όρος και τα μοναστήρια του σε "βακούφια" - ξεχωριστά οικόπεδα που προορίζονταν για θρησκευτικούς σκοπούς και την καταβολή φόρων. Ο Άθως χωρίστηκε σε 20 τέτοιες περιοχές και η Μεγίστη Λαύρα δεν ανήκε σε καμία από τις κατηγορίες, καθώς δεν θεωρούνταν επίσημα μοναστήρι.
Η Κοινότητα ήταν υπεύθυνη για την είσπραξη φόρων από τα μοναστήρια, όπως φόροι επί του πληθυσμού και της γης, καθώς και για την είσπραξη πολυάριθμων προστίμων. Ορισμένα μοναστήρια πλήρωναν επίσης φόρους για τα ζώα, τα μελίσσια και τα ελαιόδεντρα. Το βαρύ φορτίο των ατελείωτων φόρων ανάγκασε την Κοινότητα να πουλήσει τα κελιά της κοντά στις Καρυές.
Ο όρος "Κοινότητα" είναι γνωστός στο Άγιο Όρος από την αρχαιότητα. Το 1345, όταν Τούρκοι πειρατές αιχμαλώτισαν την Επιστασία του Αγίου Όρους, αποτελούμενο από τέσσερις μοναχούς, η σύναξη της Κοινότητας αποφάσισε να εξαγοράσει τους ομήρους πουλώντας ένα από τα κελιά: "Η Κοινότητα του Αγίου Όρους πούλησε ένα κελί..." αναφέρει το πρακτικό της σύναξης. Η διοίκηση της Μεγίστης Λαύρας και του Αγίου Όρους βρισκόταν στα χέρια του προέδρου της Κοινότητας – του Πρώτου, των βοηθών του και του συμβουλίου των γερόντων.
Αυτό το σύστημα διοίκησης ήταν εγγενές στο Άγιο Όρος μέχρι την κατάκτηση από τους Τούρκους. Ο αριθμός των μοναστηριών μειώθηκε σταδιακά μέχρι που υπήρχαν μόνο 20. Για να διατηρηθεί η Σύναξη, τα μοναστήρια κατέβαλαν ετήσιες εισφορές ανάλογες με τον πληθυσμό και το εισόδημά τους. Με αυτά τα χρήματα, η Λαύρα κάλυπτε τα έξοδα των Τούρκων αξιωματούχων, τους φόρους και τα πρόστιμα.
Παρόλο που η Σύναξη διέθετε άλλες πηγές εσόδων, καθώς κατά τον 17ο αι. αιώνα η Κοινότητα έλαβε δωρεά γης στη Ρουμανία, από το 1661 και μετά η οικονομική κατάσταση ήταν μάλλον δύσκολη. Τα χρέη του Αγίου Όρους αυξάνονταν και ελάχιστα μοναστήρια, μεταξύ των οποίων η Μεγίστη Λαύρα, το Βατοπέδι και η Ιβήρων, μπόρεσαν να επιβιώσουν κάτω από αυτό το βάρος.
