Τα ερείπια της αρχικής Αθωνιάδας σώζονται στην παραθαλάσσια πλαγιά κοντά στη Μονή Βατοπαιδίου. Το μέγεθός τους εντυπωσιάζει. Γύρω από το ναΐδριο του Προφήτη Ηλία οι πτέρυγες σχηματίζουν ένα ορθογώνιο που στέγαζε 170 κελλιά για σπουδαστές, κελλιά για τους καθηγητές και αίθουσες διδασκαλίας. Η πρώτη Αθωνιάδα ιδρύθηκε το 1748/9 με πρωτοβουλία της Μονής Βατοπαιδίου και του οικουμενικού πατριάρχη Κυρίλλου Ε', ως Αθωνιάς Ακαδημία [με σημερινά δεδομένα θα τη χαρακτηρίζαμε τριτοβάθμιο εκπαιδευτικό ίδρυμα].
Ο 18ος αιώνα είναι αιώνας οικονομικής άνθησης του υπόδουλου Ελληνισμού, και η άνθηση αυτή αντανακλάται στο Άγιον Όρος σε ευρύτατης κλίμακας έργα ανοικοδόμησης και ανακαίνισης, που εκτελούνται σε όλες τις μονές από τα μέσα του αιώνα και ύστερα. Η οικονομική άνθηση συνδέεται άμεσα με το εμπόριο και την ανάπτυξη ελληνικών παροικιών σε μεγάλα κέντρα του εξωτερικού· ο 18ος αιώνας, λοιπόν, πέρα από οικονομική άνθηση έφερε για πρώτη φορά τους υπόδουλους Έλληνες σε επαφή με το δυτικό τρόπο ζωής και τους διανοητικούς προβληματισμούς του.
Οι ιδέες του δυτικοευρωπαϊκού Διαφωτισμού μεταλαμπαδεύονται στην Ανατολή, προκαλώντας ποικίλες πνευματικές αναμοχλεύσεις και τη σθεναρή αντίδραση της Εκκλησίας. Η ίδρυση της Αθωνιάδος Ακαδημίας, τόσο πρώιμα μέσα στο 18ο αιώνα, αντανακλά την υψηλή προτεραιότητα που δινόταν στην παιδεία των υποδούλων· αντανακλά επίσης το δέος με το οποίο οι υπόδουλοι αντιμετώπιζαν τα επιτεύγματα της γνώσης και της φιλοσοφίας των Δυτικών. Διευθυντής της Αθωνιάδας διορίστηκε ο λόγιος Ευγένιος Βούλγαρις, που δίδασκε φιλοσοφία· δίδασκαν επίσης ο Νεόφυτος Καυσοκαλυβίτης (φιλολογικά) και ο Παναγιώτης Παλαμάς (θύραθεν επιστήμες). Πάνω από την είσοδο της Αθωνιάδας, κατά μίμηση του Πλάτωνα, ο Βούλγαρις είχε βάλει την επιγραφή «Γεωμετρήσων εισίτω· ου κωλύω - Τω μη θέλοντι συζυγήσω τας θύρας». Μεταξύ των σπουδαστών της Αθωνιάδας ήταν ο άγιος νεομάρτυς Κοσμάς ο Αιτωλός και ο λόγιος Ιώσηπος Μοισιόδαξ, που αργότερα έγινε σχολάρχης της ελληνικής σχολής του Ιασίου.
Στην Αθωνιάδα φοίτησε και ο Ρήγας Φεραίος, ο οποίος διετέλεσε και δόκιμος μοναχός. Δεν έχει μελετηθεί επαρκώς η θητεία του Ρήγα στον Άθω και το πώς επηρρέασε τις ιδέες της Χάρτας του, η οποία προέβλεπε μια κοινοπολιτεία των ορθόδοξων λαών της Βαλκανικής χερσονήσου αρκετά συναφή προς τη συμβίωση αλλοεθνών ορθοδόξων στο Άγιον Όρος. Βραχύβια ήταν η λειτουργία της Σχολής· ήδη το 1759 ο Βούλγαρις αποχώρησε και λίγο μετά (1809) η Αθωνιάδα έπαψε να λειτουργεί. Ο Μοισιόδαξ θρήνησε την κατάλυση της Αθωνιάδας: «Πού ο κλεινός Ευγένιος; Πού η πολυπληθής χορεία των μαθητών, ήτις εν χαρά της Ελλάδος πάσης συνεκρότει έναν νέο Ελικώνα Μουσών και μουσοτρόφων; Εφυγοδεύθη εκείνος, εφυγαδεύθη αυτή· βροντή νεμέσεως επέπεσε και εσκόρπισε διδάσκοντας και διδασκομένους, και η οικοδομή εκείνη, υπέρ της οποίας ο τοσούτος θρους εν τη βασιλευούση και εν τη λοιπή Ελλάδι, κατήντησεν οίμοι! η κατοικία, η φωλεά των κοράκων!». Κατά τον Βούλγαρι, υπαίτιος της κατάλυσης ήταν οι φατρίες που δημιουργήθηκαν μέσα στην Αθωνιάδα, είναι μάλλον βέβαιο, ωστόσο, ότι τη λειτουργία της υπονόμευσαν (πολύ αποτελεσματικά, όπως αποδείχθηκε) οι ίδιοι οι Αγιορείτες μοναχοί, που θεωρούσαν ότι ο Βούλγαρις δίδασκε τα έργα Δυτικών φυσιοκρατών φιλοσόφων που προήγαγαν την αθεΐα.
Πολλοί ιστορικοί θεωρούν το κλείσιμο της Αθωνιάδας μαύρη σελίδα στην ιστορία του Αγίου Όρους, και μιλούν για σκοταδιστές μοναχούς που μάχονταν το Διαφωτισμό. Θα μπορούσε πράγματι να χαρακτηρίσει κανείς την αντίδραση των μοναχών ως πρώιμη έκφραση του φαινομένου της «πολιτιστικής επανάστασης», της εξόντωσης, δηλαδή, της διανόησης από τη λαϊκή βάση που σηματοδότησαν πολλά καθεστώτα στον 20ό αιώνα. Οπωσδήποτε, το χάσμα μεταξύ των μορφωμένων και των εν πολλοίς αγράμματων μοναχών ήταν εκείνη την εποχή αβυσσαλέο, και ο μικρός αριθμός των μορφωμένων δεν ήταν επαρκής ώστε να σχηματιστεί μια «κρίσιμη μάζα» που θα εκινείτο με δική της ανεμπόδιστη ροπή.
Το κλείσιμο της Αθωνιάδας έπνιξε στα σπάργανα κάθε προοπτική ή φιλοδοξία να λειτουργήσει στο Άγιον Όρος ένα εκπαιδευτικό ίδρυμα αντίστοιχο των πανεπιστημίων της Οξφόρδης ή του Καίμπριτζ. Ας ακούσουμε όμως τη φωνή ενός Βρετανού περιηγητή που επισκέφθηκε το Άγιον Όρος λίγο μετά την αποφοίτησή του από την Οξφόρδη:
Όταν ο γοτθικός ρυθμός στράφηκε στο χρηστικό, κατάντησε ποταπός: δείτε την Οξφόρδη και το Καίμπριτζ. Στο Άγιον Όρος είναι κανείς σε θέση να μελετήσει το ακριβές αντίστοιχο των αγγλικών πανεπιστημιακών κολλεγίων, και ως προς την χρονολογία ίδρυσης και ως προς την κάτοψη. Ο Άθως κατόρθωσε αυτό που επιδιώκουν οι σύγχρονοι αρχιτέκτονες: να μπολιάσουν το χρηστικό, τους τοίχους που στεγάζουν την καθημερινή βιοπάλη, με μια αίσθηση που ξεφεύγει από το παρόν. Έτσι ακριβώς λειτουργούσε η θρησκεία στο Βυζάντιο. Ενώ η εκκλησία των Λατίνων προσπαθούσε να επιτύχει ακριβώς το αντίθετο: να χωρίσει την Κυριακή από τις εργάσιμες μέρες... Αντίθετα απ' ό,τι συνέβη στη Δύση, τα μοναστήρια στην Ανατολή δεν ήταν κατά κύριο λόγο κέντρα γνώσης, αλλά υποδείγματα ενός ιδανικού κοινωνικού συστήματος. Κάτι που αντιλαμβάνονται και ο Buondelmonti και ο Belon, που γράφουν πριν ο δυτικός μοναχισμός δεχτεί την λαίλαπα της Μεταρρύθμισης. (Robert Byron, The Station. Athos, Treasures and Men, 1927)
Η Αθωνιάδα επαναλειτούργησε στις Καρυές ως Σχολή [δηλαδή ως δευτεροβάθμιο εκπαιδευτικό ίδρυμα]. Η λειτουργία της δεν υπήρξε απρόσκοπτη· στα τέλη του 19ου αιώνα ο λόγιος ιερομόναχος Γεράσιμος Σμυρνάκης διαμαρτύρεται για την ανεπάρκεια των διδασκόντων. Το 1930 μεταστεγάστηκε στη σημερινή της θέση και λειτουργεί ως Εκκλησιαστική Σχολή. Στα απομνημονεύματά του ο πρώην Σχολάρχης της Αθωνιάδας επίσκοπος Ροδοστόλου Χρυσόστομος περιγράφει τα συχνά εμπόδια που είχε να αντιμετωπίσει η Σχολή: επί στρατιωτικής δικτατορίας (1967-74) ο πολιτικός διοικητής αρνείτο να εγκρίνει το κονδύλιο για τη λειτουργία της γεννήτριας, με αποτέλεσμα οι μαθητές να είναι αναγκασμένοι να διαβάζουν με γκαζόλαμπες.
Ο T. S. Eliot συνοψίζει την πορεία της ανθρώπινης σκέψης λέγοντας ότι «αφήσαμε τη σοφία και μαγευτήκαμε από τη γνώση, αφήσαμε τη γνώση και γίναμε δέσμιοι της πληροφόρησης». Αν σοφία είναι η γνώση που επιτρέπει την επιβίωση, η επιβίωση του Αγίου Όρους δυόμισι αιώνες μετά το κλείσιμο της Αθωνιάδας ίσως μας αναγκάζει να διαπιστώσουμε κάποια σπέρματα σοφίας στην άρνηση της Ακαδημίας από πλευράς των Αγιορειτών.