Преемник архимандрита Иоанна, отец Николай, прожил в скиту долгое время. В 1932 г. он был рукоположен в иеромонахи, а после смерти отца Иоанна в 1952 г., его возвели в сан архимандрита. Новый дикей Ильинского скита на Афоне стал последним настоятелем дореволюционного монашества. Ещё при архимандрите Иоанне, в 1924 г., было принято решение не переходить на новый Юлианский стиль календаря.
В 1964 г. случился международного значения резонанс, когда некоторые монастыри Святой Горы, особенно Эсфигмен, бойкотировали и осудили встречу Патриарха с папой Павлом IV. С 1957 г. отец Николай также не благословлял упоминать Вселенского Патриарха.
В 60-х годах XX века на Святой Горе почти не осталось монахов дореволюционной России. Только 25 монахов Ильинского скита оберегали традиции русского Афона. Отец Николай обратился за помощью к зарубежным представительствам РПЦ. В 1964 г. из Америки в скит прибыл иеромонах Серафим; затем он вернулся на Афон в 1970 г., когда отец Николай тяжело заболел. Монастырь Пантократор назначил отца Серафима настоятелем скита Пророка Ильи, а в следующем году пожаловал ему сан архимандрита.
В 1982 году в скиту проживало только три монаха. К началу 90-х сюда потихоньку стали добираться паломники — выходцы из Восточной Европы и России.
История русского скита Пророка Ильи обрывается в 1992 году. На Святую Гору прибыли Экзархи — посланники Вселенского Патриарха, для «решения вопроса Ильинского скита». Гонцы объявили, что решением Патриарха постановляется преобразовать монастырь Пантократор в общежительный. Назначив нового игумена монастыря Пантократор, отца Виссариона, Экзархи почтили своим присутствием и зависимый от него скит.
Узнав, что в ските Пророка Ильи не упоминается Вселенский Патриарх, монахи были провозглашены схизматиками (раскольниками), и был отдан приказ их арестовать. Всех монахов переправили на мирскую территорию в город Урануполис, и в тот же вечер в скит заселилось новое братство из монастыря Ватопед.
На следующий день, на заседании Кинота — парламента Святой Горы, представители монастырей Григориат, Ксиропотам, Филофей и Симонопетра отметили, что нельзя изгонять насельников скита без ведома местной власти. Посланники Патриарха объяснили, что действовали, опасаясь излишнего шума. Киноту не оставалось ничего другого, как закрыть глаза на многочисленные нарушения и подписать документ, согласно которому экзархи действовали с разрешения и благословения местных властей. Игумен русского монастыря Святого Пантелеймона Иеремия и его духовник сказали их представителю в Киноте следующее:
«Если сможешь, то не подписывай такое решение собора, а если нет, то воздержись по всей теме Ильинского скита».
Так документ подписали все, кроме отца Николая. Изгнанным монахам удалось довести дело до Верховного суда Греции, оно было рассмотрено в 1995 году. В 1996 г. было вынесено решение против истцов.
Соратники скита Пророка Ильи, как могли, поддерживали изгнанную братию. Так, гражданский губернатор Святой Горы Папулидис в 1992 г. сложил с себя полномочия в знак протеста против политики Патрирха и „полицейских“ действий, направленных против афонской общины. Епископ Каллист Диоклийский отмечает:
«Конечно, по мнению Патриархата, они нарушали каноны. Но с другой стороны, это люди искренние и преданные, которые вели строгую, молитвенную жизнь, содержали скит в порядке, а их отказ поминать Патриарха был основан на твёрдых принципах их совести. То, каким образом делегация Патриарха решила выяснить вопрос, относящийся к совести, употребив принуждение и насилие, достойно порицания. С монахами обращались варварски. <…> Скит, который всегда принадлежал русским, теперь захвачен монахами-греками. Вселенский Патриархат говорит, что изгнание не следует рассматривать как меру, направленную против русских, но факты говорят обратное. Почему для того, чтобы избавиться от нескольких беззащитных монахов, была применена сила? … Святая Гора всегда была наднациональной, никогда не принадлежала этническому анклаву и не находилась под давлением группы людей какой-либо одной национальности. Святая Гора всегда была центром вселенского Православия и пусть им и остаётся».
