Свято-Ильинский скит на Афоне был основан преподобным старцем Паисием Величковским в 1757 году. Старец Паисий был рождён в Полтаве в 1722 г., и в миру ему было дано имя Пётр. Отец мальчика был протоиереем и настоятелем соборной церкви. К сожалению, спустя 4 года после рождения сына, Иоанн Величковский скончался.
Маленький Пётр с самого раннего возраста полюбил читать Священное Писание и житие святых, для чего обычно запирался в комнате один. Он был необычайно кроткого нрава и уже с 10 лет мечтал стать монахом. В 13 лет Пётр потерял своего старшего брата, скоропостижно скончавшегося; так они с матерью остались вдвоём почти без средств к существованию. Женщина обратилась за помощью к архиепископу Кир-Рафаилу в Киеве, который определил юношу в духовное училище. Спустя 4 года обучения, Пётр оставил училище и отправился на поиски безмолвной обители, где он мог бы обрести душевное спасение.
Через несколько месяцев Пётр поступил в монастырь рядом с городом Любич, а затем перешёл в Медведовский Николаевский монастырь Киевской епархии, где и был пострижен игуменом обители и наречён именем Платон в возрасте 19 лет. Под натиском поляков монахи вынуждены были оставить свою обитель. Так Платон оказался в Киево-Печерской Лавре. Поскольку это известное место паломничества, здесь было трудно найти уединение. Боголюбивая душа молодого человека жаждала пустыни и безмолвия. Пожив немного в Лавре, он решил оставить её и отправился вместе с двумя другими иноками в Валахию.
В Валахии Платон поступил в скит Трейстины, освящённый во имя Святителя Николая. Здесь он обрёл двух духовных наставников: иноков Василия и Михаила. Потом некоторое время Платон проживал в ските Куркулы со своим наставником, знаменитым старцем Онуфрием.
Так как душа Платона постоянно стремилась к Богу, спустя некоторое время он начал мечтать о Святой Горе Афон, о которой так много слышал. Именно здесь молодой человек надеялся обрести душевное спасение. Господь исполнил это желание, и в 1746 г., в возрасте 24 лет, Платон прибыл на Афон.
Не найдя старца, к которому он мог бы поступить под начало, Платон сначала поселился в каливе Кипарис, которая находилась во владениях греческого монастыря Пантократор. Здесь он прожил 3,5 года. На Афон, также из Валахии, прибыл старец схимонах Василий, хорошо известный Платону как бывший его наставник. Юный отшельник с великой радостью принял к себе старца и с благоговением внимал его духовным беседам и наставлениям. По просьбе Платона старец Василий подстриг его в мантийные монахи на двадцать восьмом году жизни, дав ему имя Паисий.
Спустя некоторое время старец Василий покинул Святую Гору, а на его место приехал из Валахии другой монах по имени Виссарион. Посетив несколько афонских отцов, он в итоге пришёл и к отцу Паисию, прося у него духовных наставлений. Так прожили они вместе более 4 лет, в совершенном уединении и удалении от людей.
Иноки Святой Горы и паломники, слыша о подвигах молодых монахов и их мирной жизни, начали приходить к отцу Паисию и со слезами умолять его о принятии в число учеников. Преподобный Паисий долго не соглашался на это, но, убеждённый неотступными их молениями и просьбами своего друга Виссариона, решился, несмотря на свои возражения, принять некоторых из числа просившихся. Таким образом, собралось около 8 учеников и в каливе стало совсем тесно. Появилась необходимость приобрести келью с церковью во имя святого равноапостольного царя Константина, недалеко от каливы, также на земле монастыря Пантократор.
В этой келье преподобный Паисий обосновался уже с двенадцатью учениками и начал совершать церковное правило на славянском и молдавском языках, т.к. братство его состояло из русских и молдаван. Тем не менее, у нового братства не было своего священника и духовника, поэтому монахи обратились к отцу Паисию с просьбой принять это и другое звание. В возрасте 36 лет преподобный Паисий принял сан иерея.
Когда братство отца Паисия перестало помещаться в келье Святого Константина, он попросил у монастыря Пантократор необитаемую ветхую келью, освящённую во имя святого Пророка Ильи. С разрешения монастыря и по благословению патриарха Серафима, жившего тогда в монастыре Пантократор, отец Паисий на месте кельи основал скит во имя святого Пророка Ильи. Тут же преподобный Паисий приступил к постройке новой церкви, трапезной, пекарни, кухни, гостиницы и братских келий.
Своим примером преподобный Паисий научил братию трудиться и заниматься рукоделием. Днём он делал ложки, а ночью писал отеческие книги, переводя их с греческого на церковнославянский язык. Таким образом, вся жизнь старца Паисия проходила непрестанно в трудах и бдении; он спал в сутки не более 3 часов. Число монахов в скиту постепенно возрастало, т.к. многие желали проводить свою жизнь под руководством старца Паисия. Собралось уже более 50 человек. Никакие отказы, ни даже указания на большой труд в послушаниях и скудность в пропитании, ничто не могло подействовать на ревностных подражателей жития ильинской братии.
Некоторые стали советовать приобрести старцу Паисию монастырь Симонопетра, который в то время находился в запустении и задолжал разным лицам. Прожив в обители всего 3 месяца, преподобный Паисий рассмотрел огромный размер долга и многочисленных кредиторов и был вынужден вернуться в свой скит. Так как количество монахов в ските Пророка Ильи выросло настолько, что содержать его стало для старца невозможным, он был вынужден отправиться вместе со своей братией в Валахию.
В 1763 году преподобный Паисий вместе с 64 монахами покинул Святую Гору. На Афоне к тому времени он прожил уже 17 лет. В ските остались несколько русских монахов. Предание гласит, что уезжая, Паисий сказал оставшимся следующее:
"Со временем будет в скиту игуменом другой Паисий, и при нём скит устроится, возвеличится и прославится"
