После революции 1917 года на Афоне стали говорить о том, что несколько святогорских монахов и других православных приняли мученическую смерть от рук большевиков. В скит Пророка Ильи дошло по крайней мере 30 писем из России, где говорилось о жертвах красного террора:
«иеромонах Николай, насельник Ильинского скита, 53 лет, застрелен на подворье в Таганроге 13 сентября 1921 г. во время конфискации; иеромонах Евгений, 53 лет, старец кельи Живоносного источника, был разрублен на части 1 августа 1930 г. на берегу Днестра при попытке бежать на Афон через Румынию».
После 1917 г. для скита наступил период невероятной нужды. Здесь проживали 180 монахов, которым как-то нужно было находить для себя пропитание. В январе 1917 г. на Афон прибывает отряд франко-прусских войск, который задержится здесь до июня. В апреле скит через русского командующего передал 8000 драхм в Салоники для покупки провианта. Тем не менее, после ухода франко-прусского отряда, положение скита на Святой Горе снова стало шатким.
Иностранные паломники, посетившие Святую Гору Афон между двумя мировыми войнами, были поражены, увидев, с каким достоинством русские переносят лишения. Археолог Доукинс, прибывший на Афон из Британии в 30-х годах XX века, так описывал свои впечатления от Ильинского скита:
«Теперь русские, которых раньше боялись, нищенски бедны; Ильинский скит, в котором в 1933 году мы остановились отдохнуть на несколько часов, выглядел жалко. Однако все здания и большая церковь были безупречно чисты. … Спустившись вниз, я отметил аккуратность во всем, а также цветочные клумбы во дворе. «Да, — сказал монах, обратившись ко мне, — Россия когда-то была Россией». … На Афоне всегда бросается в глаза отличие между ухоженными и аккуратными русскими обителями и слегка обветшалыми местами, где себя чувствуют как дома греки. Тем не менее, монахи Ильинского скита стареют; теперь их только 83 человека, и половина из них не может физически трудиться. Будущее чрезвычайно мрачно».
Правление архимандрита Иоанна явилось самым длительным за всю историю скита. Самый тяжёлый период существования скита — с октября 1917 г. до середины 1920-х годов. Сохранилось письмо от 1924 г., составленное от имени монастыря Святого Пантелеймона и двух скитов:
«Наша благодетельница, великая Россия, разбита на части, Русская Православная Церковь распята, и от этого очень страдаем мы, русские монахи на Афоне».
К 1919 г. на Афон из России не приходил ни один пароход, с конца 1916 г. перестала доставляться почта. Скиту был нанесён непоправимый материальный ущерб, т.к. внушительная часть капитала скита Пророка Ильи находилась в банках Одессы. В апреле 1920 г. прорвалась почта и средства от меценатов. Паломники из России перестали приезжать в скит. В ските не было новых послушников — ни из России, ни с Афона.
Монастырь Пантократор осознал, что скит находится в бедственном положении, и, воспользовавшись ситуацией, увеличил сборы и подати. В 1918 г. скит потерял также некоторую недвижимость: комнаты в Дафне и в Карьесе. Ударом стала экспроприация собственности скита в России, а также в Константинополе.
Чтобы как-то поправить свои дела и найти средства к существованию, скит Пророка Ильи начал продавать понемногу то, без чего мог обойтись. С 1918 по 1924 год скитом было продано монастырю Пантократор: церковная утварь, паровая мельница, брёвна и доски, рельсы, листы железа, несколько мулов и лошадь. Скит оставил себе корабль, который оказался отличным источником дохода: его сдавали в аренду монастырям на восточном побережье для доставки груза с материковой части Греции, островов и из Египта. С 1919 г. монахи, объединяясь в группы по 10 человек, нанимались на разные работы: с марта по май они помогали монастырю Хиландар в сенокосе, в сентябре— на острове Тасос собирали оливки, вместе с монахами Каракала собирали грецкий орех.
