Ильинский скит на Святой Горе Афоне был основан в 1757 г. преподобным Паисием Величковским, прибывшим на эти земли в 1746 году. Он и не думал становиться настоятелем, а всего лишь искал духовного отца. 4 года он прожил в безмолвном уединении, пока в 1750 г. на Афон не приехал из влахийской пустыни знаменитый старец Василий, у которого он раньше учился. Старец постриг отшельника в мантию и предложил ему жить в обществе других, т.к. уединение опасно для неопытных ещё монахов. Старец объяснил, что у иноков есть два общежительных (киновиальных) способа существования: первый — общество, второй же — царский, или средний, путь, когда монахи живут вдвоём или втроём, имеют общее имущество, пищу, одежду и трудятся совместно.
К преподобному Паисию присоединился монах Виссарион из Валахии. Через некоторое время подвижников заметили и другие молодые иноки. Они умоляли Паисия Величковского принять их в ученики; тот долго отказывался, но в итоге сдался.
В скором времени две небольшие каливы Виссариона и Паисия стали слишком тесны. Пришлось приобрести у монастыря Пантократор келью Святого Константина с часовней. С этого момента сюда стали приезжать молодые люди из России. Увеличивающаяся братия нуждалась в священнике и просила преподобного Паисия принять сан. Он отказывался, объясняя, что причиной приезда на Афон как раз стали уговоры стать священником на родине, чего преподобный так хотел избежать.
Тем не менее, преподобному вновь пришлось покориться воле Бога. Когда он стал священником, число монахов возросло до двенадцати: 7 из них были выходцами из Румынии, а 5 — из Малороссии. Келья снова стала тесной, и в 1757 г. Паисий Ведичковский купил у монастыря пустовавшую келью Пророка Илии, расположенную в получасе ходьбы от кельи Святого Константина.
Отцы монастыря Пантократор снабдили преподобного Паисия специальным документом — скитской омологией, согласно которой келья возводилась в ранг скита, дикеем (настоятелем) которого стал Паисий. Было принято решение начать масштабные строительные работы по обустройству новообретённого скита.
На средства, полученные от пожертвований, монахи провели воду и соорудили каменную церковь, трапезную, пекарню, кухню и 16 келий. Отец Паисий не хотел, чтобы число монахов превышало 15 человек, но он не мог также отвергать новоприбывших, мечтающих подвизаться в его обители. Так монахов стало 50 человек.
Снова стало не хватать места. Святогорские старцы и бывший Вселенский Патриарх Серафим посоветовали преподобному Паисию отправиться на другую сторону полуострова Афон, в опустевшую обитель Симонопетра. 15 апреля 1762 г. в монастырь прибыл Паисий Величковский в сопровождении 35 монахов. Однако пробыть им там пришлось недолго, так как через 3 месяца явились слуги султана, чтобы взыскать неоплаченный монастырский долг в 700 левов. Опасаясь появления других кредиторов, он был вынужден вернуться в скит.
Преподобный Паисий так вспоминает об этом времени:
«Житию во Святой Афонской Горе самое то место, весьма жёстокое и трудное, не способствовало, так как там даже двое или трое, живя вместе, едва могут кровавым пóтом и большим трудом удовлетворять свои телесные нужды, а тем более такое множество. Кроме того, мы опасались турецких властей, чтобы они не наложили на наше бедное общество даней».
Преподобный Паисий Величковский прожил на Афоне 17 лет, после чего забрал с собой 64 монахов и в 1763 г. вернулся на родину. Свято-Ильинский скит осиротел, но начало русскому монашеству на Афоне было положено.
До появления преподобного Паисия русские обитатели Святой Горы находились в достаточно невыгодном положении. Несмотря на то, что первые русские монахи поселились на Афоне уже в XI веке, известный путешественник Барский в середине XVIII столетия заметил, что русские иноки не имели здесь настоящего приюта.
Скит Пророка Ильи стал для всей Святой Горы примером нестяжания, молитвы и послушания. Это был первый на Афоне общежительный скит, в котором сосуществовало братство двух национальностей и где службы шли на двух разных языках — славянском и румынском.
Преемником преподобного Паисия стал архимандрит Варлаам. Монастырь Пантократор ценил добродетели нового дикея (настоятеля) и выдал скиту новую хартию вместо первоначальной, полученной в 1798 году. Архимандрит Варлаам назначил своим преемником отца Афанасия, который также был возведён в сан архимандрита и признан Пантократором новым дикеем. Он управлял скитом следующие десять лет.
Монастырь надеялся, что отец Афанасий начнёт ремонт соборного храма и даже разрешал рубить лес и строить новые кельи, предварительно получив благословение. Скит должен был ежегодно выплачивать монастырю Пантократор 50 пиастров, которые затем отдавались в турецкую казну.
Обитель же передала скиту в использование участок леса в 200 десятин. Стоит отметить, что в те времена земля на Афоне могла принадлежать только 20 монастырям. Этот подарок служил доказательством хороших взаимоотношений между скитом и главенствующим монастырём.
При архимандрите Афанасии число монахов начало расти. Как и при преподобном Паисие, появилась проблема расширения территорий. Младшей братии пришлось перебраться в окрестные кельи и каливы, добывая себе пропитание различными ремеслами. По воскресеньям и праздникам все собирались в главном храме. Скит Пророка Ильи — единственный из всех русских обителей был похож на греческие скиты, фактически действующие по подобию Лавры.
После смерти архимандрита Афанасия скитом Пророка Ильи управлял иеромонах Герасим, а затем иеромонах Парфений. Относительно спокойный период в истории скита закончился в 1821 году, с началом борьбы греков за независимость от Оттоманской Империи. В Константинополе Вселенский Патриарх Герман был повешен, а основатель Руссика Скарлат Каллимах — задушен. Многие отцы покинули Афон. Парфений также принял решение покинуть Святую Гору, последовав за братией монастыря Святого Пантелеймона. Настоятель скита Пророка Ильи взял с собой святыни обители: часть Честного Креста, святые мощи и драгоценную утварь.
Отец Парфений вернулся на Афон лишь спустя 8 лет в сопровождении 8 монахов из Молдавии. Скит пребывал в запущенном состоянии: тропы заросли непроходимым кустарником, а корпуса зданий, очевидно, были разграблены и полуразрушены турками и пиратами.
