9 июня 1835 года на Святую Гору прибыл иеромонах Аникита, в миру князь Ширинский-Шихматов. Отец Парфений предложил ему игуменскую келью в скиту Пророка Ильи, а затем отец Аникита отправился в поход по монастырям. В монастыре Святого Пантелеймона его уговаривали остаться, т.к. греки, проживавшие там и находившиеся в бедственном положении, надеялись, что обитель будет спасена от разорения богатым русским князем. Тем не менее, отец Аникита вернулся в скит Пророка Ильи. Желая объединить русское братство на Афоне для создания монастыря, он выслал письмо всем русским, живущим на Святой Горе.
Вскоре отец Аникита покинул удел Божьей Матери и отправился в паломничество в Иерусалим. Князь оставил русскую братию на попечение отца Прокопия и снабдил его средствами на постройку в монастыре Святого Пантелеймона храма святителя Митрофана Воронежского.
К великому разочарованию отца Аникиты, монахи монастыря переругались между собой и, храм так и не был построен. Отец Аникита вернулся в скит Пророка Ильи 8 июля 1836 г. и сделал отцу Прокопию выговор. В скиту отец Аникита отслужил сорок литургий и заложил церковь Святого Митрофана Воронежского. Затем он отправился в Афины с двумя учениками.
Вскоре монахов скита поразила болезнь моровой язвы, вероятно, принесённая одним из паломников. Таким образом, в 1836 г. погибло почти всё братство — более 20 монахов; выжили только 6 человек.
Когда болезнь отступила, скит постигла новая беда — внутренние распри и разногласия: русские стали ссориться между собой, малороссы с великороссами. В итоге великороссы были изгнаны из скита и были вынуждены расселиться в районе Карьеса. Греки монастыря Святого Пантелеймона пригласили отца Павла, возглавлявшего великорусскую братию, поселиться с изгнанными монахами в их обители. Так, с 1839 года Руссик стал действительно русским.
В течение следующих пяти лет настоятели скита Пророка Ильи сменялись неоднократно. В 1840 г., при настоятеле Акакии в скит Пророка Ильи были перенесены останки скончавшегося отца Аникиты.
Отец Акакий всегда рассказывал с великой горечью о том, что «разрушили любовь малороссияне с великороссиянами и сделали болгарам и грекам смех, а диаволу радость, духовным же великим старцам неутешимый плач».
После вреда, нанесённого внутренними распрями, отношения с господствующим монастырем Пантократор испортились, а хартия 1798 года была утеряна. Вместо неё скиту выдали специальную бумагу, под названием «выпись актов», подписанную в 1839 году.
Монастырь Пантократор стал более требователен к скиту. Теперь ему пришлось платить повышенные налоги — около 1500 пиастров ежегодно. Также Пантократор забрал свой давний щедрый подарок — треугольник леса, и отнял важные документы — ряд указов императора, патриарха и султанский фирман, освобождавший скит от уплаты податей.
В 1839 г. скит Пророка Ильи и монастырь Пантократор встретились в суде. Чтобы заменить утерянную хартию 1798 г., обе стороны приняли выпись актов.
С 1880 г. конфликт между обителями разгорелся с новой силой. Согласно новой хартии, монастырь Пантократор сделал скиту 3 дара: водяную мельницу, 2000 дровяных брёвен ежегодно, а также надел земли, расположенный напротив конюшен, внизу виноградника.
После 1839 г. количество монахов в скиту увеличилось; его положение стало улучшаться. В 90-х годах XIX века Пантократору захотелось сократить количество братии; в хартии 1892 г. сказано:
«Количество отцов, проживающих в скиту, постоянное — сто тридцать (130) и двадцать (20) послушников; скит никогда и ни по какой причине не может превысить его».
Другая статья этой хартии запрещала строить и перестраивать любые другие здания, скит имел право «свободно ремонтировать все имеющиеся здания», но должен избегать «при этом всех излишеств». Также вырос и налог, увеличившись с 1500 пиастров до 130 лир.
В 1910 г. профессор Дмитриевский нашёл копию утерянной хартии 1798 г. в одной из библиотек Санкт-Петербурга. Тем не менее, эта находка никогда не была использована, и скит продолжал оставаться в полной зависимости и подчинении у главенствующего монастыря. Вероятно, профессор нашёл лишь перевод хартии, который монастырь Пантократор отказался бы признать действительным.
Несмотря на это смутное время и множество проблем — как внешних, так и внутренних — скит выстоял и укрепил своё благосостояние. С увеличением братии, скит стал представлять опасность для монастыря Пантократор.
В 1841 г. монах Илия, седьмой дикей (настоятель) скита за последние 3 года, решил оставить свой пост и стать отшельником. Бросили жребий, кому стать во главе скита Пророка Ильи. Отец Паисий вытянул свою судьбу. Он проживал в келье греческого скита Кавсокаливия, принадлежащего Великой Лавре.
Отец Паисий, как и его тёзка, преподобный Паисий Величковский, мечтал жить аскетом. Так же, как и преподобному Паисию, ему пришлось поддаться на уговоры и строгое предписание своего духовного отца и вступить в должность.
