Основание Свято-Андреевской обители на Афоне совпало с началом умножения здесь русских монахов, которые до того времени на Святой Горе исчислялись единицами, или в лучшем случае, десятками; до 1823 года греческое население уменьшилось на три четверти. Как видно из географического положения Святой Горы Афон, она относится к Македонии и находится рядом с городом Салоники. Следовательно, Гора составляет южную оконечность в пределах славянского заселения Европы. Именно поэтому славянское иночество всегда стремилось на Афон. Святая Гора была колыбелью православия и русского монашества; именно здесь духовно возрос предводитель русских монахов, преподобный Антоний Печерский.
Несмотря на горячую любовь славян к Афону, он был доступен лишь немногим, а из всех монастырей на Афоне только 3 было славянскими: болгарский — Зограф, сербский — Хиландар и наполовину русский монастырь Руссик.
С началом освободительного греческого движения в начале двадцатых годов XIX века, греческое иночество приняло страшный удар и было фактически истреблено. Из десятков тысяч греческих монахов на Афоне почти никого не осталось: некоторые из них бежали, некоторые были убиты на Афоне, а некоторые во время попыток спаситсь. Насколько велико было это опустошение можно судить хотя бы по тому, что один иеромонах — Дорофей — оказался игуменом сразу 7 больших монастырей, каждый день переезжая из одного монастыря в другой, по очереди служа в них литургию.
Около 3 лет Святая Гора находилась в запустении, и вместо прежних обитателей — иноков, здесь находились турецкие войска. С 1829 года Афон вновь начал заселяться иноками. Именно тогда сюда прибыли наши старцы: Виссарион и Варсонофий. Вскоре начался наплыв русских на Афон, и к середине тридцатых годов стала чувствоваться потребность в создании для них отдельный обители.
На Афоне некогда существовал русский монастырь Руссик, но он потерял русских насельников и чуть было не прекратил своего существования, т.к. в начале XIX века обнищал до такой степени, что прочие монастыри решили его упразднить, а земли поделить между собою. Патриарх воспротивился этому решению и два великих мужа, сначала Савва, а потом Герасим, воссоздали Руссик.
Братия Руссика, под руководством своего пастыря, игумена Герасима, осознавая, что этот монастырь предназначен быть русской обителью, захотела восстановить утраченное. В 1834 году на Афон прибыл известный аскет иеромонах Аникита (князь Ширинский-Шихматов), поселившийся в обители. Вокруг него немедленно собралось около 25 русских монахов. 
Неожиданно князь получил в Иерусалиме назначение на должность настоятеля афинской посольской церкви. Прибыв вновь на Афон, чтобы попрощаться со своими братьями, он узнал скорбную весть, что русские монахи вместе со своим игуменом Герасимом были изгнаны из обители. Монахи перешли в Ильинский скит на Горе Афон, где Аникита заложил церковь во имя Святителя Митрофана.
Спустя некоторое время в Ильинском ските разразилась чума, и из 27 человек осталось лишь 7; почил также и игумен Парфений.
После эпидемии на Афоне осталось около 20 русских монахов: 7 из них проживали в Ильинском ските, а остальные — по разным кельям. Старцы Виссарион и Варсонофий проживали в Троицкой келье. Эта беда, тем не менее, не остановила притока русских на Афон.
Новый игумен скита Арсений привёл с собой двух любимых учеников: иеросхимонаха Виссариона и схимонаха Варсонофия. Позднее Старцы Виссарион и Варсонофий возвратились в Троицкую келью и стали искать удобное место, чтобы устроить скит для великороссов.
