16 февраля 1859 года отец Феодорит покинул Петербург и отправился на Афон. Отец Феодорит и отец Прокопий пробыли в России 8 лет, собирая средства на нужды скита Святого Андрея Первозванного. Отец Феодорит до такой степени заботился о нуждах обители, что скупился тратить деньги на себя, даже на извозчика, ходил по грязи пешком, несмотря на щедрые подаяния, предоставленные для его личного пользования.
По возвращении, отцу Феодориту была поставлена должность наместника, а отца Прокопия вскоре постригли в мантию под именем Поликарп и назначили экономом.
В конце сентября 1859 г. отец Виссарион пожелал лично посетить рыбный завод в устье Дуная. Управление скитом он поручил отцу Феодориту. 22 октября в ските торжественно отпраздновали десятилетие его утверждения. 24 августа 1860 г., в день памяти Святителя Петра Митрополита Московского, торжественно была освящена новая церковь в построенном южном корпусе.
26 апреля 1862 г. не стало отца Виссариона. Кончина старца сопровождалась некоторыми знамениями. Так, двум лицам во время его кончины было одинаковое видение. Одним из них был иеромонах Антоний, живший раньше в ските, а потом удалившийся в пустынную келью; он видел во сне, что полная луна со множеством звёзд спускается с неба на Андреевский скит. Отец Антоний, размышляя об увиденном, решил пойти в скит. Подходит к воротам, а из ворот — громадный собор в 60 священнослужителей с архиепископом во главе, со множеством братьев и пустынников, выносят тело отца Виссариона.
Через 3 года, по афонскому обычаю, были открыты останки отца Виссариона; к общей радости монахов, они носили на себе явные знаки благодати Божьей: были жёлтого янтарного цвета и благоухали.
В своих заметках отец Феодорит так писал о старце Виссарионе:
"Блаженной памяти игумен старец Виссарион имел многие тайные подвиги и добродетели, предсказания и видения, но запрещал всегда кому-либо рассказывать, даже и мне не позволял".
В октябре 1862 г. начался новый сбор средств на нужды обители; на этот раз сборщиком был назначен отец Паисий. Первые шаги отца Паисия были неудачны, он скорбел и унывал. По совету отца Феодорита отец Паисий побывал в Риге, затем в Москве и в Нижнем Новгороде, но повсюду его преследовала неудача. Незадолго до конца срока сбора, в августе, по прибытии Паисия в Казань, чудотворная икона Божьей Матери стала проявлять свою небесную поддержку.
Святая икона особо помогала исцелению бесноватых. В благодарность за исцеление, спасённые носили на руках икону, когда она ходила по молебнам, в течение 3 дней. Отец Паисий советовал исцелившимся на следующий день приобщиться святых тайн и потом в течение 6 недель не вкушать рыбу и вина. Немало получили исцеления и другие больные. Вести о благодати чудотворной иконы опережали её на пути следования. Отца Паисия встречали толпами во всякой попутной деревне и городе, каждый просил посетить его жилище и занести икону в дом.
Задокументировано одно из чудес, совершённых иконой Утешение в Скорбях и Печалях:
"В течение последних почти 6 лет я был нем и лишён ясности в голосе, но ныне, с 19 минувшего ноября, говорю свободно и чисто.... По окончании молебна, вместе с другими облобызал я икону Божьей Матери. В это время я ощутил в своем языке жар, который распространился внутри по всему телу. По возвращении домой ко мне обратились с вопросом, вдруг, без всякого повода, я сказал: "Какой чудный бриллиантовый венец на Божьей Матери!" и сам от этого пришёл в удивление и трепет".
Так описывает свое чудесное исцеление молодой человек по имени Владимир Неволин. Его показания были записаны на официальном дознании о произошедшем чуде.
Православные, возрадовавшись благодати, стекались к иконе толпами, и усердному слуге этой святыни не было времени даже обстоятельно написать в скит о случившемся. Таким образом, в обители узнали про совершившееся чудеса из письма третьих лиц.
В 1864 г. в ските был построен корпус в 5 этажей, на северо-восточной стороне. Он составлял продолжение трапезной корпуса обители.
19 ноября 1865 г. в ските решили начать строительство шестиэтажного корпуса с церковью во имя чудотворной иконы Богоматери Утешение в Скорбях и Печалях. Постройка была окончена в 1868 году; освящение в церкви завершилось 30 ноября 1871 года.
16 июля 1867 года скит посетил Его Императорское Высочество Великий Князь Алексей Александрович. Он собственноручно заложил соборный храм в память чудесного спасения жизни императора Александра Николаевича от покушения в Париже. Храм заложен во имя святого апостола Первозванного Андрея, с пределами святого князя Александра Невского и равноапостольной святой Марии Магдалены — святых, имена которых носили их императорские величества.
2 января 1872 г., в день памяти Иоанна Златоуста, монастырь Ватопед, за десятилетнее управление скитом и его благоустройство, возвёл отца Феодорита в сан архимандрита, а Вселенский Патриарх наградил его патриаршим крестом.
В 1873 г., с умножением братии, появилась необходимость расширить трапезную, в связи с чем заложили новое здание, устроили со сводами подвалы и подняли постройку здания на два этажа.
27 июля 1883 г. императорской семьей России скиту был пожертвован колокол весом в 333 пуда и 33 фунта, отлитый в Вятской губернии. Этот колокол, украшенный двуглавым позолоченным орлом, был доставлен в Свято-Андреевский скит на Афоне ко дню святого великомученика Пантелеймона.
В 1874 г. скит вновь посетил один из его основателей — Андрей Николаевич Муравьёв, приглашённый отпраздновать 25-летие обители. Муравьёв был глубоко поражён той переменой, какую представлял скит спустя 25 лет после своего основания.
В 1882 г. за стеной скита, с восточной стороны, рядом с кладбищем, была построена церковь в два этажа. Верхняя — во имя Святителя Николая, а нижняя — во имя трёх Святителей: Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста. При этой церкви был построен также двухэтажный корпус для отцов, избравших подвиг уединённого жития.
С 1 января 1887 г., ради душевной пользы православных христиан, с разрешения Святейшего Правительствующего Синода, скит начал издавать журнал "Наставления и утешения святой веры христианской".
10 марта 1887 г. в ските случился сильный пожар: огонь истребил трапезную, церковь и братскую келью. В этом же году, на западной стороне, построен двухэтажный корпус с церковью во имя Успения Божьей Матери на верхнем этаже. Тогда же отец Феодорит сильно заболел и началась переписка с монастырём Ватопед о назначении его преемника. Для поправления здоровья отец Феодорит отправился в Одессу, где скончался 10 августа 1887 года. Отец Феодорит прожил на Афоне 45 лет, с 1842 по 1887 год, пробыв настоятелем ровно 25 лет. Третьим настоятелем Святоандреевского скита стал иеросхимонах Феоклит.
