În 1472, un țăran pe nume Ivan Dementiev, tăind pădurea, a descoperit o intrare într-o peșteră cu inscripția: „Peștera zidită de Dumnezeu.” Un preot pe nume Ioan, supranumit „Șestnik”, un colono din țara Moscovei, a venit acolo pentru a înființa o mănăstire. După moartea soției sale, care a primit numele monahal Vassa, a devenit un ascet și a acceptat monahismul cu numele Iona.
Iona a săpat o biserică în peșteră și a cerut preoților să o sfințească, ceea ce s-a întâmplat pe 15 august 1473, în cinstea Adormirii Preasfintei Născătoare de Dumnezeu. Cu ocazia sfințirii, a avut loc o minune: o femeie oarbă și-a recăpătat vederea. Icoana asociată cu acest eveniment este păstrată în altarul Bisericii Adormirii.
Preacuviosul Iona a muncit până în 1480 și a trecut la Domnul în pace. Pe trupul său a fost găsită o armură de zale, care a fost agățată deasupra mormântului său ca mărturie a vieții sale ascetice. Moaștele Preacuviosului Iona se odihnesc în peșterile alături de moaștele Preacuviosului bătrân Marcu și ale Preacuvioasei Vassa.
În timpul unui atac asupra mănăstirii, un cavaler din Lifonia, batjocorind moaștele, a încercat să deschidă mormântul Vassei, dar a fost ars de flacăra care ieșea din el. Urmele acestui foc sunt vizibile pe mormântul Preacuvioasei Vassa.
