В 1472 году крестьянин Иван Дементьев, рубя лес, открыл вход в пещеру с надписью: «Богом зданная пещера». Священник Иоанн по прозвищу «Шестник», переселенец из Московской страны, пришел туда, чтобы основать монастырь. После смерти жены, принявшей монашеский постриг с именем Васса, он стал подвижником и принял монашество с именем Иона.
Иона вырыл пещерную церковь и просил священников освятить её, что произошло 15 августа 1473 года в честь Успения Пресвятой Богородицы. При освящении произошло чудо: прозрела слепая женщина. Икона, связанная с этим событием, хранится в алтаре Успенского храма.
Преподобный Иона подвизался до 1480 года и мирно отошел ко Господу. На его теле был найден кольчато-панцирь, который повесили над его гробом как свидетельство его подвижнической жизни. Мощи преподобного Ионы покоятся в пещерах рядом с мощами преподобного старца Марка и преподобной Вассы.
При нападении на монастырь лифонский рыцарь, насмехаясь над мощами, хотел открыть гроб Вассы, но был опалён пламенем, исходящим из него. Следы этого огня видны на гробе преподобной Вассы.
