У 1472 році селянин Іван Дементьєв, рубаючи ліс, відкрив вхід до печери з написом: «Печера, збудована Богом». Священик Іоан, на прізвисько «Шестник», переселенець з Московської землі, прийшов туди, щоб заснувати монастир. Після смерті дружини, яка прийняла монаше ім'я Васса, він став подвижником і прийняв чернецтво під ім'ям Іона.
Іона викопав печерну церкву і просив священиків освятити її, що сталося 15 серпня 1473 року на честь Успіння Пресвятої Богородиці. Під час освячення сталося диво: сліпа жінка прозріла. Ікона, пов'язана з цим подією, зберігається в вівтарі Успенського храму.
Преподобний Іона подвизався до 1480 року і мирно відійшов до Господа. На його тілі було знайдено кольчужний панцир, який повісили над його гробом як свідчення його подвижницького життя. Мощі преподобного Іони спочивають у печерах поряд з мощами преподобного старця Марка та преподобної Васси.
Під час нападу на монастир лицар з Лифонії, насміхаючись над мощами, намагався відкрити гроб Васси, але був обпалений полум'ям, що виходило з нього. Сліди цього вогню видні на гробі преподобної Васси.
