Године 1472, сељак Иван Дементјев, док је секао шуму, открио је улаз у пећину са натписом: „Пећина коју је саградио Бог.“ Свештеник Јован, надимком „Шестник“, досељеник из Московске земље, дошао је тамо да оснује манастир. Након смрти своје жене, која је примила монашко име Васа, постао је подвижник и прихватио монаштво под именом Јона.
Јона је ископао пећинску цркву и замолио свештенике да је освети, што се догодило 15. августа 1473. године у част Успенија Пресвете Богородице. Током освећења догодило се чудо: слепа жена је прогледала. Икона повезана са овим догађајем чува се у олтару Успенског храма.
Преподобни Јона се подвизавао до 1480. године и мирно је преминуо у Господу. На његовом телу пронађена је оковратна кошуља, која је окачена изнад његовог гроба као сведочанство његовог подвижничког живота. Мошти преподобног Јоне почивају у пећинама поред моштију преподобног старца Марка и преподобне Васе.
Током напада на манастир, витез из Лифоније, подсмевајући се моштима, покушао је да отвори гроб Васе, али је био опечен пламеном који је излазио из њега. Трагови те ватре су видљиви на гробу преподобне Васе.
