S-a născut în Egiptul Superior, în Teba, în ultimele decenii ale secolului al III-lea. Părinții săi erau păgâni, iar el a întâlnit creștini în timpul serviciului său în armată. De mic a arătat semne ale unei vieți curate.
Odată, în timp ce aducea o oală cu carne de vită muncitorilor, a fost ispitit de fiica stăpânului. Cernit, a refuzat, spunând: "Nu-mi este posibil să comit această faptă rea." După acest incident, a început să împărtășească experiența sa cu monahii, avertizându-i împotriva ispitelor.
A primit educație, deoarece părinții săi erau înstăriți. La 20 de ani, a fost chemat în armată, unde a întâlnit creștini care aveau grijă de el și de camarazii săi. Aceasta a avut un impact puternic asupra lui.
După desființarea armatei, a decis să devină creștin, făcând o promisiune de fidelitate lui Hristos. A fost botezat în satul Shenesit, unde a trăit într-un templu gol al lui Serapis, a muncit și a ajutat pe cei săraci. Faima sa ca om evlavios s-a răspândit.
Pahomie căuta singurătate și un mentor, și l-a găsit pe bătrânul Palamon, care l-a acceptat după încercări. Pahomie a devenit călugăr, iar împreună cu Palamon, s-au rugat și au muncit cu sârguință.
După moartea lui Palamon, Pahomie a devenit conducătorul altor călugări. Fratele său Ioan a venit la el, iar cei doi frați au muncit împreună, ducând o viață strictă.
Pahomie s-a confruntat cu ispite puternice, dar cu rugăciune și răbdare le-a depășit. Un înger al Domnului i s-a arătat, chemându-l să slujească oamenilor și să construiască o mănăstire. A acceptat primii călugări și s-a îngrijit de ei, stabilind reguli pentru viața în mănăstire.
Faima sa pentru evlavie s-a răspândit, iar mulți au venit la el dorind să devină călugări. A construit o biserică pentru locuitorii locali și s-a îngrijit de îndrumarea spirituală a călugărilor, nevrând să accepte oficiul preoțesc.
Pahomie a fondat un coenobiu, unde călugării trăiau conform unor reguli stricte, munceau și se rugau. Se îngrijea de bolnavi și organiza viața fraților, acordând atenție fiecărui călugăr. Munca și umilința sa au devenit un exemplu pentru toți.
