Рођен је у Горњој Египту, у Теби, у последњим деценијама III века. Његови родитељи су били пагани, а он је упознао хришћане током службе у војсци. Од малих ногу показивао је знаке чисте живота.
Једном, док је носио лонац са говедином радницима, био је искушаван од ћерке газде. Чист, одбио је, реквши: "Немогуће је да учиним ово зло дело." Након овог инцидента, почео је да дели своје искуство са монасима, упозоравајући их на искушења.
Образовао се, јер су му родитељи били богати. Са 20 година позван је у војску, где је наишао на хришћане који су се бринули о њему и његовим друговима. То је на њега оставило снажан утисак.
Након распуста војске, одлучио је да постане хришћанин, обећавши верност Христу. Крстен је у селу Шенесит, где је живео у празној цркви Сераписа, радио и помагао сиромашнима. Његова слава као побожног човека се проширила.
Пахомије је тражио осаму и учитеља, и нашао је старца Паламона, који га је прихватио након проба. Пахомије је постао монах, и заједно са Паламоном, марљиво су се молили и радили.
Након смрти Паламона, Пахомије је постао вођа других монаха. Његов брат Јован дошао је код њега, и обојица браће су заједно радили, водећи строг живот.
Пахомије се суочавао са снажним искушењима, али је уз молитву и стрпљење превазила их. Анђео Господњи му се указао, позивајући га да служи људима и гради манастир. Прихватио је прве монахиње и бринуо се о њима, постављајући правила живота у манастиру.
Његова слава за побожност се проширила, и многи су долазили код њега желећи да постану монаси. Саградио је цркву за локалне становнике и бринуо се о духовном вођству монаха, не желећи да прихвати свештенички чин.
Пахомије је основао заједницу, где су монаси живели према строгим правилима, радили и молили се. Бринуо се о болеснима и организовао живот братства, обраћајући пажњу на сваког монаха. Његов труд и понизност постали су пример за све.
