Народився в Верхньому Єгипті, у Фівах, в останні десятиліття III століття. Його батьки були язичниками, і він познайомився з християнами під час служби в армії. З ранніх років проявляв задатки чистого життя.
Одного разу, відносячи робітникам каструлю з яловичиною, він зустрів спокусу від дочки господаря. Цнотливий, він відмовився, сказавши: "Неможливо мені вчинити цей гріх." Після цього випадку він почав ділитися своїм досвідом з ченцями, застерігаючи їх від спокус.
Отримав освіту, оскільки батьки були заможними. У 20 років був призваний до війська, де зіткнувся з християнами, які піклувалися про нього та його товаришів. Це справило на нього сильне враження.
Після розпуску війська він вирішив стати християнином, давши обітницю вірності Христу. Прийняв хрещення в селі Шенесит, де жив у порожньому храмі Серапіса, трудився і допомагав бідним. Його слава як благочестивої людини поширилася.
Пахомій шукав усамітнення і наставника, і знайшов старця Паламона, який прийняв його після випробувань. Пахомій став монахом, і разом з Паламоном вони старанно молилися і працювали.
Після смерті Паламона, Пахомій став керівником інших монахів. Його брат Іоанн прийшов до нього, і обидва брати разом трудилися, ведучи строгий спосіб життя.
Пахомій стикався з сильними спокусами, але з молитвою і терпінням долав їх. Ангел Господній з'явився йому, закликаючи служити людям і будувати обитель. Він прийняв перших монахів і дбав про них, встановлюючи правила життя в монастирі.
Слава про його благочестя поширилася, і до нього приходили багато, бажаючи стати монахами. Він побудував церкву для місцевих жителів і дбав про духовне наставництво іноків, не бажаючи приймати священницький сан.
Пахомій заснував общежитие, де іноки жили за строгими правилами, працювали і молилися. Він дбав про хворих і організовував життя братії, приділяючи увагу кожному іноку. Його праця і смирення стали прикладом для всіх.
