Родился в Верхнем Египте, в Фиваиде, в последние десятилетия III века. Родители были язычниками, и знакомство с христианами произошло во время службы в войске. С ранних лет проявлял задатки чистой жизни.
Однажды, отнеся рабочим котелок с говядиной, встретил искушение от дочери хозяина. Целомудренный, он отказался, сказав: "Невозможно мне совершить это худое дело". После этого случая он стал делиться своим опытом с монахами, предостерегая их от соблазнов.
Получил образование, так как родители были состоятельными. В 20 лет был призван в войско, где столкнулся с христианами, которые заботились о нем и его товарищах. Это произвело на него сильное впечатление.
После распуска войска, он решил стать христианином, дав обет верности Христу. Принял крещение в селении Шенесит, где жил в пустом храме Сераписа, трудился и помогал бедным. Его слава как благочестивого человека распространилась.
Пахомий искал уединения и наставника, и нашел старца Паламона, который принял его после испытаний. Пахомий стал монахом, и вместе с Паламоном они усердно молились и трудились.
После смерти Паламона, Пахомий стал руководителем других монахов. Его брат Иоанн пришел к нему, и оба брата вместе трудились, ведя строгую жизнь.
Пахомий сталкивался с сильными искушениями, но с молитвой и терпением преодолевал их. Ангел Господень явился ему, призывая служить людям и строить обитель. Он принял первых монахов и заботился о них, устанавливая правила жизни в монастыре.
Слава о его благочестии распространилась, и к нему приходили многие, желая стать монахами. Он построил церковь для местных жителей и заботился о духовном наставлении иноков, не желая принимать священнический сан.
Пахомий основал общежитие, где иноки жили по строгим правилам, трудились и молились. Он заботился о больных и организовывал жизнь братии, уделяя внимание каждому иноку. Его труд и смирение стали примером для всех.
