S-a născut în prima sfertă a secolului XIV în orașul Vladimir pe Klyazma cu numele Iacov. Tatăl său, preotul Ignatie, și mama sa Ana erau temători de Dumnezeu și i-au oferit fiului o educație evlavioasă. De la vârsta de șapte ani, Iacov a început să studieze cărțile sfinte și a arătat dăruire față de casa lui Dumnezeu. A acceptat monahismul în mănăstirea în cinstea Nașterii Preasfintei Născătoare de Dumnezeu, luând numele Pahomie.
După moartea tatălui său, rămânând orfan, a continuat intențiile sale evlavioase. Pahomie a fost trimis la brutăria fraților, unde a muncit neobosit. Igumenul mănăstirii, văzându-i hărnicia, l-a adus la sfântul Alexie, care l-a hirotonit diacon. Pahomie a slujit mulți ani în Mănăstirea Nașterii, iar mai târziu a devenit stareț al Mănăstirii Tsarevo-Constantin.
Înțelegând că harul lui Dumnezeu îl cheamă la noi fapte, a părăsit în secret mănăstirea și s-a dus la Nerekhta, unde a găsit un loc pentru a înființa o nouă mănăstire. Oamenii din Nerekhta l-au ajutat cu bucurie la aranjarea mănăstirii, iar în curând a fost construită o biserică în cinstea Sfintei Treimi.
Pahomie avea grijă de frați, stabilind un mod de viață și introducând un regulament strict. Mănăstirea a devenit un model pentru altele, iar mulți au donat pentru construcția ei. A murit pe 21 martie 1384, în muncă și rugăciuni, lăsând fraților îndrumări și binecuvântări.
Înmormântarea sa a fost solemnă, iar moaștele au fost așezate în Catedrala Sfintei Treimi. După descoperirea moaștelor în 1675, a început cinstirea sfântului, care a fost întărită de numeroase minuni care au avut loc atât în timpul vieții sale, cât și după moartea sa.
Numeroase minuni legate de numele sfântului au avut loc în Nerekhta, inclusiv vindecări de boli și eliberări de nevoi. În 1848 și 1853, el a ajutat oamenii în timpul epidemiilor de holeră, iar mulți au fost vindecați prin rugăciuni către el.
Memoria sfântului se sărbătorește de două ori pe an: pe 21 martie/3 aprilie și pe 15/28 mai, când are loc o mare adunare de pelerini la biserica Sfintei Treimi-Sypanov.
