Рођен је у првој четвртини XIV века у граду Владимирu на Кљазми под именом Јаков. Његов отац, свештеник Игнатије, и мајка Ана били су богобојазни и дали су сину побожно васпитање. Од седме године Јаков је почео да учи свете књиге и показивао је марљивост према дому Божијем. Прихватио је монаштво у манастиру у част Рођења Пресвете Богородице, узимајући име Пахомије.
После смрти оца, остајући сироче, наставио је своје побожне намере. Пахомије је послат у братску пекару, где је неуморно радио. Игуман манастира, видећи његову марљивост, довео га је до светог Алексеја, који га је поставио за ђакона. Пахомије је служио много година у Рождественском манастиру, а затим је постао игуман манастира Царево-Константинов.
Схвативши да га Божија милост позива на нове подвиге, тајно је напустио обитељ и отишао у Нерехту, где је нашао место за оснивање новог манастира. Нерехтани су му радо помогли у уређењу манастира, и убрзо је саграђена црква у част Животворне Тројице.
Пахомије се бринуо о братству, успостављајући ред живота и уводећи строг устав. Манастир је постао узор другима, а многи су даровали за његову изградњу. Умро је 21. марта 1384. године, у трудовима и молитвама, остављајући братству поуке и благослове.
Његово сахрањивање било је свечано, а мошти су положене у Тројици катедрали. Након открића моштију 1675. године, почело је поштовање светог, које је ојачано бројним чудима која су се дешавала и за време његовог живота и после његове смрти.
Многе чудесне ствари повезане са именом светог догодиле су се у Нерехти, укључујући исцељења од болести и ослобођења од невоља. Године 1848. и 1853. помогао је људима током епидемија холере, и многи су се исцелили молитвама ка њему.
Сећање на светог се слави два пута годишње: 21. марта/3. априла и 15/28. маја, када се окупља велики број верника у цркви Тројице-Шипановске.
