Народився в першій чверті XIV століття в місті Володимир на Клязьмі з ім'ям Яків. Його батько, священик Ігнатій, і мати Анна були богобоязливими і дали сину благочестиве виховання. З семи років Яків почав вивчати святі книги і проявляв старанність до дому Божого. Прийняв чернецтво в монастирі на честь Різдва Пресвятої Богородиці з ім'ям Пахомій.
Після смерті батька, залишившись сиротою, він продовжив свої благочестиві наміри. Пахомій був відправлений у братську пекарню, де невтомно працював. Ігумен монастиря, побачивши його працьовитість, привів його до святого Олексія, який посвятив його в диякона. Пахомій багато років служив у Різдвяному монастирі, а потім став настоятелем Царево-Константинівської обителі.
Зрозумівши, що Божа благодать кличе його до нових подвигів, він таємно залишив обитель і вирушив у Нерехту, де знайшов місце для заснування нового монастиря. Нерехтяни з радістю допомогли йому в облаштуванні монастиря, і незабаром був збудований храм на честь Животворної Трійці.
Пахомій дбав про братію, встановлюючи порядок життя і вводячи строгий устав. Монастир став зразком для інших, і багато жертвували на його будівництво. Він помер 21 березня 1384 року, у трудах і молитвах, залишивши братії настанови та благословення.
Його поховання було урочистим, і мощі були покладені в Троїцькому соборі. Після виявлення мощей у 1675 році, почалося шанування святого, яке посилилося завдяки численним чудесам, що відбувалися як за його життя, так і після смерті.
Безліч чудес, пов'язаних з ім'ям святого, сталося в Нерехті, включаючи зцілення від хвороб і визволення від бід. У 1848 і 1853 роках він допомагав людям під час холерних епідемій, і багато зцілювалися за молитвами до нього.
Пам'ять святого святкується двічі на рік: 21 березня/3 квітня і 15/28 травня, коли відбувається велике скупчення паломників до Троїцько-Сипановської церкви.
