Родился в первой четверти XIV века в городе Владимир на Клязьме с именем Иаков. Отец его, священник Игнатий, и мать Анна были богобоязненные и дали сыну благочестивое воспитание. С семи лет Иаков начал учиться священным книгам и проявлял усердие к храму Божию. Принял иночество в монастыре во имя Рождества Пресвятой Богородицы с именем Пахомий.
После смерти отца, оставшись сиротой, он продолжил свое благочестивое намерение. Пахомий был послан в братскую пекарню, где неустанно трудился. Игумен монастыря, увидев его трудолюбие, привел его к святому Алексию, который посвятил его в диакона. Пахомий много лет служил в Рождественском монастыре, а затем стал настоятелем Царево-Константиновской обители.
Поняв, что Божия благодать призывает его к новым подвигам, он тайно оставил обитель и отправился в Нерехту, где нашел место для основания новой обители. Нерехтяне с радостью помогли ему в устроении монастыря, и вскоре был построен храм во имя Живоначальной Троицы.
Пахомий заботился о братии, устанавливая порядок жизни и вводя строгий устав. Монастырь стал образцом для других, и многие жертвовали на его строительство. В трудах и молитвах он скончался 21 марта 1384 года, оставив братии наставление и благословение.
Погребение его было торжественным, и мощи были положены в Троицком соборе. После обретения мощей в 1675 году, началось почитание святого, которое усиливалось благодаря многочисленным чудесам, происходившим как при жизни, так и после смерти.
Множество чудес, связанных с именем святого, произошло в Нерехте, включая исцеления от болезней и избавления от бед. В 1848 и 1853 годах он помогал людям во время холерных эпидемий, и многие исцелялись по молитвам к нему.
Память святого празднуется дважды в год: 21 марта/3 апреля и 15/28 мая, когда происходит большое стечение богомольцев к Троице-Сыпановской церкви.
