Evgheni Sergeevici Botkin s-a născut pe 27 mai 1865 în Țarskoe Selo, într-o familie de medici renumiți, Sergey Petrovici Botkin. Provenea dintr-o dinastie de comercianți Botkin, cunoscută pentru credința ortodoxă profundă și filantropie. Încă din copilărie, în inima lui Evgheni au fost sădite virtuți precum generozitatea și modestia.
După ce a primit o educație acasă, în 1878 a intrat la a doua Gimnaziu Clasic din Sankt Petersburg, iar în 1882 a devenit student la Facultatea de Fizică și Matematică a Universității din Sankt Petersburg. Cu toate acestea, curând a ales profesia medicală și s-a înscris la Academia Medicală Militară, pe care a absolvit-o cu distincție în 1889. În ianuarie 1890, a început să lucreze la Spitalul Mariinsky pentru săraci.
La vârsta de 25 de ani, Evgheni s-a căsătorit cu Olga Vladimirovna Manuilova, iar în familia lor s-au născut patru copii. Paralele cu munca sa la spital, s-a dedicat științei și a susținut teza pentru titlul de Doctor în Medicină în 1893. În 1897, a devenit privat-docent în boli interne.
Din 1897, Botkin a început activitatea sa medicală în comunitățile surorilor de milă ale Societății Ruse a Crucii Roșii. În 1904, în timpul războiului ruso-japonez, a plecat în Extremul Orient, unde s-a distins ca un medic deosebit și a primit o înaltă funcție administrativă.
După război, împărăteasa Alexandra Feodorovna a dorit să devină medicul personal al familiei regale. Din 1908, a slujit ca medic al curții imperiale, rămânând bun și atent cu cei din jur.
Când a început Primul Război Mondial, a solicitat să fie trimis pe front, dar împăratul i-a încredințat să rămână cu familia regală. În februarie 1917, după revoluție, a rămas cu familia regală, în ciuda desființării funcției sale.
În aprilie 1918, Botkin s-a oferit voluntar să însoțească familia regală la Ekaterinburg, unde toți au fost executați în noaptea dintre 16 și 17 iulie. Cu câțiva ani înainte de moartea sa, a primit titlul de nobil ereditar și a ales un motto pentru blazonul său: “Prin credință, fidelitate și muncă,” care reflecta idealurile sale de viață și devotamentul față de Dumnezeu și familia regală.
