Ο Ευγένιος Σεργκέγιεβιτς Μπότκιν γεννήθηκε στις 27 Μαΐου 1865 στο Τσάρσκογιε Σελό, στην οικογένεια του γνωστού ιατρού Σεργκέι Πετρόβιτς Μπότκιν. Προερχόταν από τη εμπορική δυναστεία των Μπότκιν, που διακρινόταν για την βαθιά Ορθόδοξη πίστη και την φιλανθρωπία της. Από την παιδική του ηλικία, ο Ευγένιος είχε ενσταλάξει μέσα του αρετές όπως η μεγαλοψυχία και η ταπεινότητα.
Αφού έλαβε κατ' οίκον εκπαίδευση, το 1878 εισήλθε στη 2η Κλασική Γυμνασίου της Αγίας Πετρούπολης, και το 1882 έγινε φοιτητής της Φυσικομαθηματικής Σχολής του Πανεπιστημίου της Αγίας Πετρούπολης. Ωστόσο, σύντομα επέλεξε το ιατρικό επάγγελμα και εγγράφηκε στην Στρατιωτική Ιατρική Ακαδημία, από την οποία αποφοίτησε με άριστα το 1889. Τον Ιανουάριο του 1890, άρχισε να εργάζεται στο Νοσοκομείο Μαρίινσκα για τους φτωχούς.
Στην ηλικία των 25 ετών, ο Ευγένιος παντρεύτηκε την Όλγα Βλαντιμίροβνα Μανουίλοβα, και απέκτησαν τέσσερα παιδιά. Παράλληλα με την εργασία του στο νοσοκομείο, ασχολήθηκε με την επιστήμη και υπερασπίστηκε τη διατριβή του για τον τίτλο του Δόκτορα Ιατρικής το 1893. Το 1897, έγινε ιδιωτικός διδάσκων στις εσωτερικές ασθένειες.
Από το 1897, ο Μπότκιν άρχισε τις ιατρικές του δραστηριότητες στις κοινότητες των Αδελφών Ελέους της Ρωσικής Εταιρείας Ερυθρού Σταυρού. Το 1904, κατά τη διάρκεια του Ρωσοϊαπωνικού Πολέμου, πήγε στην Άπω Ανατολή, όπου διακρίθηκε ως εξαιρετικός ιατρός και έλαβε υψηλή διοικητική θέση.
Μετά τον πόλεμο, η αυτοκράτειρα Αλεξάνδρα Φιοντόροβνα επιθυμούσε να γίνει ο προσωπικός γιατρός της βασιλικής οικογένειας. Από το 1908, υπηρέτησε ως ιατρός της Αυλής, παραμένοντας ευγενικός και προσεκτικός προς τους γύρω του.
Όταν άρχισε ο Πρώτος Παγκόσμιος Πόλεμος, ζήτησε να σταλεί στο μέτωπο, αλλά ο αυτοκράτορας του ανέθεσε να παραμείνει με την βασιλική οικογένεια. Τον Φεβρουάριο του 1917, μετά την επανάσταση, παρέμεινε με την βασιλική οικογένεια παρά την κατάργηση της θέσης του.
Τον Απρίλιο του 1918, ο Μπότκιν προσφέρθηκε να συνοδεύσει την βασιλική οικογένεια στο Γεκατερίνμπουργκ, όπου όλοι τους εκτελέστηκαν τη νύχτα 16-17 Ιουλίου. Λίγα χρόνια πριν από τον θάνατό του, του απονεμήθηκε ο τίτλος του κληρονομικού ευγενή και διάλεξε ένα μότο για το οικόσημό του: “Με πίστη, πίστη και εργασία,” που αντανάκλασε τις ιδέες της ζωής του και την αφοσίωσή του στον Θεό και την βασιλική οικογένεια.
