Евгений Сергеевич Боткин родился 27 мая 1865 года в Царском Селе в семье известного врача Сергея Петровича Боткина. Он происходил из купеческой династии Боткиных, отличавшейся глубокой православной верой и благотворительностью. С детства в сердце Евгения были заложены добродетели, такие как великодушие и скромность.
Получив домашнее образование, в 1878 году он поступил в 2-ю Санкт-Петербургскую классическую гимназию, а в 1882 году стал студентом физико-математического факультета Санкт-Петербургского университета. Однако вскоре он выбрал медицинскую профессию и поступил в Военно-медицинскую академию, которую окончил с отличием в 1889 году. С января 1890 года начал работать в Мариинской больнице для бедных.
В 25 лет Евгений вступил в брак с Ольгой Владимировной Мануйловой, и в их семье родилось четверо детей. Параллельно с работой в больнице он занимался наукой и защитил диссертацию на степень доктора медицины в 1893 году. В 1897 году он стал приват-доцентом по внутренним болезням.
С 1897 года Боткин начал свою врачебную деятельность в общинах сестер милосердия Российского Общества Красного Креста. В 1904 году, во время русско-японской войны, он отправился на Дальний Восток, где проявил себя как выдающийся врач и получил высокую административную должность.
После войны императрица Александра Феодоровна пожелала, чтобы он стал личным доктором царской семьи. С 1908 года он служил лейб-медиком Высочайшего двора, оставаясь добрым и внимательным к ближним.
Когда началась Первая мировая война, он обратился с просьбой направить его на фронт, но император поручил ему оставаться при царской семье. В феврале 1917 года, после революции, он остался с царской семьей, несмотря на упразднение своей должности.
В апреле 1918 года Боткин вызвался сопровождать царскую семью в Екатеринбург, где все они были расстреляны в ночь с 16 на 17 июля. За несколько лет до своей кончины он получил титул потомственного дворянина и выбрал девиз для своего герба: «Верою, верностью, трудом», что отражало его жизненные идеалы и преданность Богу и царской семье.
