Евгениј Сергејевић Боткин рођен је 27. маја 1865. године у Царском Селу у породици познатог лекара Сергеја Петровича Боткина. Потицао је из трговачке династије Боткин, која се одликовала дубоком православном вером и хуманитаризмом. Од детињства, у Евгенију су биле усадјене врлине као што су великодушност и скромност.
Након што је добио домаће образовање, 1878. године уписао је 2. Санкт Петербуршку класичну гимназију, а 1882. године постао студент физичко-математичког факултета Санкт Петербуршког универзитета. Међутим, убрзо је изабрао медицинску професију и уписао Војно-медицинску академију, коју је завршио са одличним успехом 1889. године. У јануару 1890. године почео је да ради у Маријинској болници за сиромашне.
Са 25 година, Евгениј се оженио Ольгом Владимировном Манuilовом, и у њиховој породици рођено је четворо деце. Паралелно са радом у болници, бавио се науком и одбранио дисертацију за звање доктора медицине 1893. године. Године 1897. постао је приватни доцент за унутрашње болести.
Од 1897. године, Боткин је започео своју лекарску делатност у заједницама сестара милосрђа Руског друштва Црвеног крста. Године 1904. током руско-јапанског рата, отишао је на Далеки исток, где се истако као изванредан лекар и добио високу административну позицију.
Nакон рата, царица Александра Фјодоровна је желела да постане лични лекар царске породице. Од 1908. године служио је као лекар двора, остајући љубазан и пажљив према ближњима.
Када је почео Први светски рат, обратио се с молбом да га пошаљу на фронт, али му је цар поверовао да остане уз царску породицу. У фебруару 1917. године, након револуције, остао је са царском породицом, упркос укидању своје позиције.
У априлу 1918. године, Боткин се добровољно пријавио да прати царску породицу у Јекатеринбургу, где су сви погубљени у ноћи између 16. и 17. јула. Неколико година пре своје смрти, добио је титулу наследног племића и изабрао је мото за свој грб: “Верoм, верношћу и радом,” што је одражавало његове животне идеале и посвећеност Богу и царској породици.
