S-a născut pe 28 mai 1884 în orașul Cuhloma, provincia Kostroma, într-o familie evlavioasă. A absolvit Școala Spirituală Soligalich și Seminarul Teologic Kostroma, apoi a intrat la Institutul Veterinar din Kazan. Începând din 1905, a început să participe la slujbe la Mănăstirea Spassky din Kazan, unde starețul, Arhimandritul Varsonofii, a devenit mentorul său spiritual. În 1905, a primit binecuvântarea pentru monahism de la Schema-Arhimandritul Gavriil.
După absolvirea institutului, pe 4 mai 1908, a intrat în Pustia Zosimova, unde a fost primit de igumenul Herman. În mănăstire a îndeplinit diverse ascultări, inclusiv îngrijirea animalelor și tratamentul acestora. Pe 17 martie 1910, a fost tuns în riasofor, iar pe 18 martie 1915, în mantie, primind numele Agafon.
După tuns, a continuat să aprofundeze viața spirituală, studiind lucrările sfinților părinți. În 1918, a fost hirotonit în rangul de ierodiacon, iar în 1920 – în rangul de ieromonah. A slujit în diverse mănăstiri, inclusiv în bisericile Sfinților Petru și Pavel și Nașterea.
În 1923, Pustia Zosimova a fost închisă, iar el s-a mutat la Moscova, unde a continuat să primească copii spirituali. În 1935, a fost arestat și condamnat la cinci ani de închisoare într-un lagăr de muncă. În lagăr, a continuat să scrie copiilor săi spirituali, susținându-i în credință.
A murit pe 30 mai 1938 în lagăr, lăsând în urmă mulți copii spirituali care îl amintesc ca pe un bătrân evlavios și umil.
