Рођен је 28. маја 1884. године у граду Чухломи, Костромска губернија, у побожној породици. Завршио је Солигаличско духовно училиште и Костромску духовну семинарију, а затим уписао Казански ветеринарски институт. Од 1905. године почео је да присуствује богослужењима у Спасовом манастиру у Казању, где је игуман, архимандрит Варсонофије, постао његов духовни учитељ. Године 1905. добио је благослов за монаштво од схимамонаха Гавриила.
После завршетка института, 4. маја 1908. године, ушао је у Зосимову пустињу, где га је примио игуман Герман. У манастиру је обављао разне послуге, укључујући бригу о стоци и лечење животиња. 17. марта 1910. године пострижен је у расофор, а 18. марта 1915. године у мантију, узимајући име Агафон.
После пострижења наставио је да продубљује свој духовни живот проучавајући дела светих отаца. Године 1918. рукоположен је у чин јерођакона, а 1920. године – у чин јеромонаха. Служио је у разним манастирима, укључујући цркве Петра и Павла и Рођења.
Године 1923. Зосимова пустиња је затворена, а он се преселио у Москву, где је наставио да прима духовну децу. Године 1935. ухапшен је и осуђен на пет година затвора у радном логору. У логору је наставио да пише својој духовној деци, подржавајући их у вери.
Умро је 30. маја 1938. године у логору, остављајући иза себе много духовне деце која га памте као побожног и скромног старца.
