Народився 28 травня 1884 року в місті Чухлома Костромської губернії в благочестивій родині. Закінчив Солігаліцьке духовне училище та Костромську духовну семінарію, потім вступив до Казанського ветеринарного інституту. З 1905 року почав відвідувати богослужіння в Спасівському монастирі в Казані, де настоятель, архімандрит Варсонофій, став його духовним наставником. У 1905 році отримав благословення на іночество від схиархімандрита Гавріїла.
Після закінчення інституту, 4 травня 1908 року, вступив до Зосимової пустині, де був прийнятий ігуменом Германом. У монастирі виконував різні послуги, включаючи догляд за худобою та лікування тварин. 17 березня 1910 року був пострижений у рясофор, а 18 березня 1915 року – у мантію з ім'ям Агафон.
Після постриження продовжував поглиблювати своє духовне життя, вивчаючи праці святих отців. У 1918 році був рукоположений у сан іеродиакона, а в 1920 році – в сан іеромонаха. Служив у різних монастирях, включаючи Петропавлівський та Різдвяний храми.
У 1923 році Зосимова пустиня була закрита, і він переїхав до Москви, де продовжував приймати духовних дітей. У 1935 році був арештований і засуджений на п'ять років ув'язнення в виправно-трудовий табір. У таборі продовжував писати своїм духовним дітям, підтримуючи їх у вірі.
Помер 30 травня 1938 року в таборі, залишивши після себе безліч духовних дітей, які пам'ятають його як благочестивого і смиренного старця.
