Родился 28 мая 1884 года в городе Чухломе Костромской губернии в благочестивой семье. Окончил Солигаличское Духовное училище и Костромскую Духовную семинарию, затем поступил в Казанский ветеринарный институт. С 1905 года начал посещать богослужения в Спасском монастыре в Казани, где настоятель, архимандрит Варсонофий, стал его духовным наставником. В 1905 году получил благословение на иночество от схиархимандрита Гавриила.
После окончания института, 4 мая 1908 года, вступил в Зосимову пустынь, где был принят игуменом Германом. В монастыре проходил различные послушания, включая уход за скотом и лечение животных. 17 марта 1910 года был пострижен в рясофор, а 18 марта 1915 года в мантию с именем Агафон.
После пострижения продолжал углубляться в духовную жизнь, изучая труды святых отцов. В 1918 году рукоположен в сан иеродиакона, а в 1920 году – в сан иеромонаха. Служил в различных монастырях, включая Петропавловский и Рождественский храмы.
В 1923 году Зосимова пустынь была закрыта, и он переехал в Москву, где продолжал принимать духовных детей. В 1935 году был арестован и осуждён на пять лет заключения в исправительно-трудовой лагерь. В лагере продолжал писать своим духовным детям, поддерживая их в вере.
Умер 30 мая 1938 года в лагере, оставив после себя множество духовных детей, которые помнят его как благочестивого и смиренного старца.
