S-a născut în Egiptul de Sus, în Tebaida, în ultimele decenii ale sec. al III-lea. Părinții săi erau păgâni, iar cunoașterea creștinilor a avut loc în timpul slujirii în oaste. Din fragedă tinerețe arăta înclinare spre o viață curată.
Odată, ducând lucrătorilor o oală cu carne de vită, a întâmpinat ispita din partea fiicei stăpânului. Fiind curat la suflet, a refuzat, spunând: „Nu-mi este cu putință să fac acest lucru rău”. După această întâmplare a început să-și împărtășească experiența monahilor, prevenindu-i împotriva ispitelor.
A primit educație, deoarece părinții săi erau înstăriți. La 20 de ani a fost chemat în oaste, unde a întâlnit creștini care aveau grijă de el și de tovarășii lui. Acest lucru l-a impresionat puternic.
După desființarea armatei, a hotărât să devină creștin, dând jurământ de credință lui Hristos. A primit Botezul în satul Șenesit, unde a locuit într-o biserică părăsită al lui Serapis, a muncit și i-a ajutat pe săraci. Faima lui ca om evlavios s-a răspândit.
Pahomie căuta singurătatea și un povățuitor duhovnicesc și l-a găsit pe bătrânul Palamon, care l-a primit după încercări. Pahomie a devenit monah și împreună cu Palamon s-au rugat și au muncit cu sârguință.
După moartea lui Palamon, Pahomie a devenit povățuitorul altor călugări. Fratele său Ioan a venit la el, iar amândoi au muncit împreună, ducând viață aspră.
Pahomie s-a confruntat cu ispite puternice, dar cu rugăciune și răbdare le-a biruit. Îngerul Domnului i s-a arătat, chemându-l să slujească oamenilor și să întemeieze mănăstire. El a primit primii călugări și s-a îngrijit de ei, rânduind reguli de viață în obște.
Faima evlaviei lui s-a răspândit și mulți veneau la el dorind să devină călugări. El a construit o biserică pentru localnici și s-a ocupat de îndrumarea spirituală a călugărilor, ne dorind să primească hirotonia preoțească.
Pahomie a întemeiat viața de obște, unde monahii trăiau după reguli stricte, munceau și se rugau. Se îngrijea de bolnavi și rânduia viața fraților, acordând atenție fiecărui monah. Osteneala și smerenia lui au devenit pildă pentru toți.
