Ο πρώτος ερημίτης του Πечέρσκ θεωρείται ο Μακάριος Μάρκος, και ο πρώτος ιδρυτής της μονής ήταν ο Μακάριος Ιωνάς. Ο ιερέας Ιωάννης Σχεστνίκ, που στάλθηκε από τη Μόσχα στο Γιούριεβ Λιβονίας, αντιμετώπισε διωγμούς κατά των Ορθοδόξων και υπερασπίστηκε το ποίμνιό του από τους Καθολικούς. Το 1470, μετά από δύομισι χρόνια υπηρεσίας, αναγκάστηκε να εγκαταλείψει το Ντέρπτ και να καταφύγει στο Πσκώβ. Ο πατέρας Ιωάννης, που αποφάσισε να ζήσει ως ερημίτης, άρχισε να σκάβει μια εκκλησία στο βουνό, όπου σύντομα δέχτηκε το μοναχισμό και ονομάστηκε Ιωνάς. Το 1473, ολοκλήρωσε την κατασκευή του ναού και απευθύνθηκε στον Αρχιεπίσκοπο Θεόφιλο με αίτημα να τον αγιάσει. Ο ναός αγιάστηκε στις 15 Αυγούστου 1473, και κατά τη διάρκεια αυτού του γεγονότος, συνέβη ένα θαύμα με τη θεραπεία μιας τυφλής γυναίκας. Μετά από αυτό, οι μοναχοί άρχισαν να συρρέουν στη μονή, και αυτή άρχισε να ευημερεί. Ο Μακάριος Ιωνάς εκοιμήθη γύρω στο 1480, και τα λείψανά του τοποθετήθηκαν σε μια σπηλιά. Το 1642, τα λείψανα μεταφέρθηκαν σε νέο φέρετρο. Για τους κόπους και τον ζήλο του για τον Θεό, αγιοποιήθηκε μεταξύ των αγίων του Θεού.
