Γεννημένος στην Κρήτη από χριστιανούς γονείς, ο Άγιος Ηλάριος, κατά την αγία βάπτισή του Ιωάννης, διατήρησε την ευσέβεια από τη νεότητά του. Μετά από δέκα χρόνια με τον θείο του στην Κωνσταντινούπολη, άρχισε να υπηρετεί έναν έμπορο από τη Χίο, τον Φραντσέσκο. Κατηγορούμενος για κλοπή, ο Ιωάννης, πέφτοντας σε απελπισία, στράφηκε στη μητέρα του Σουλτάνου και, υποκύπτοντας στον πειρασμό, αποδέχθηκε την μουσουλμανική πίστη. Ωστόσο, μετά από τρεις ημέρες, συνειδητοποιώντας το λάθος του, μετάνιωσε και εγκατέλειψε το παλάτι, επιστρέφοντας στον πνευματικό του πατέρα, τον ιερομόναχο Συμεών.
Μετά από μακρά βάσανα και αναζητήσεις, ο Ιωάννης αποφάσισε να επιστρέψει στην Κωνσταντινούπολη για να ομολογήσει την χριστιανική πίστη και να δεχθεί ένα μαρτυρικό τέλος. Πήγε στο Άγιον Όρος, όπου πήρε μοναχικές υποσχέσεις με το όνομα Ηλάριος. Εμβαθύνοντας στις ασκήσεις, επιδίωξε το μαρτύριο, παρά τις προειδοποιήσεις των γερόντων.
Αφού έλαβε ευλογία, ο Ηλάριος επέστρεψε στην Κωνσταντινούπολη, όπου, υπομένοντας βάσανα, ομολόγησε με θάρρος την πίστη του μπροστά στον Μπάς-αγά και άλλους βασανιστές. Μετά από σφοδρά βασανιστήρια, καταδικάστηκε σε θάνατο. Στον τόπο της εκτέλεσης, ο άγιος γονάτισε και, διαβάζοντας το σύμβολο της πίστης, αποδέχθηκε τον μαρτυρικό θάνατο στις 20 Σεπτεμβρίου 1804.
Το σώμα του αγίου εξαγοράστηκε από χριστιανούς και θάφτηκε με τιμές στο νησί Πρώτη. Τα λείψανα του Αγίου Ηλαρίου έγιναν γνωστά για θαύματα, θεραπεύοντας τους πάσχοντες και εκδηλώνοντας σημεία. Η μνήμη του τιμάται για την σταθερότητα στην πίστη και το μαρτύριο για τον Χριστό.
