Преподобний Стефан народився в другій половині XV століття в країні Вологді від благочестивих батьків. Його батько служив при князівському дворі, але юнак, прагнучи до безмовності, залишив князівський двір і пішов до Лаври Діонісія, де був прийнятий у число послушників і пострижений у монашество з іменем Стефан.
Прагнучи до духовного вдосконалення, Стефан мандрував північними пустелями та монастирями. Він зупинився в Тихвіні, але незабаром повернувся до рідних Вологодських країв, вибравши усамітнене місце біля озера Комельського для життя в молитві та пості.
У перші роки життя в пустелі він зазнавав безліч труднощів і спокус, але Божа благодать не залишала його. Одного разу, під час молитви, йому явилася Пресвята Богородиця та святитель Миколай, які благословили його на заснування монастиря. Через три роки до нього прийшли брати, які бажали розділити з ним труди.
Стефан вирушив до Москви за благословенням митрополита Данила на будівництво храму та обителі. Митрополит з любов'ю прийняв його, і Стефан був рукоположений у сан священства та поставлений ігуменом нової обителі. Він повернувся в пустелю з необхідними благословеннями для заснування монастиря.
Прибувши на озеро, він відслужив подячний молебень і разом з братами приступив до будівництва храму, який був освячений у 1534 році на ім'я святителя Миколая. Преподобний Стефан, як люблячий батько, дбав про братів, подаючи їм приклад смирення і праці.
Досягнувши глибокої старості, він передчував свою кончину і підготувався до неї. Упокоївся 12 червня 1542 року. Після його смерті обитель була розорена татарами, але на місці його могили був побудований новий храм, де багато хто бачив світло, немов горіли свічки.
Преподобний Стефан залишив після себе безліч чудес, включаючи явлення купця Гаврила, який у бурю покликав його на допомогу і побачив світлого старця, який запевнив його в захисті від потоплення.
