Преподобни Стефан рођен је у другој половини 15. века у земљи Вологди од благочестивих родитеља. Његов отац служио је на кнежевском двору, али младић, стремећи ка тишини, напустио је кнежевски двор и отишао у Лавру Дионисија, где је примљен у број послушника и пострижен у монаштво именом Стефан.
Тражећи духовно усавршавање, Стефан је путовао по северним пустинјама и манастирима. Задржао се у Тихвину, али се брзо вратио у родне Вологдске крајеве, бирајући усамљено место крај језера Комелског за живот у молитви и посту.
У првим годинама живота у пустињи, суочавао се са многим тешкоћама и искушењима, али Божија благодат није га напуштала. Једном, током молитве, јавила му се Пресвета Богородица и светитељ Николај, који су га благословили за оснивање манастира. Након три године, дошли су му браћа, желећи да деле његове трудове.
Стефан је отишао у Москву по благослов митрополита Данијела за изградњу храма и обитељи. Митрополит га је с љубављу примио, и Стефан је рукоположен у свештенички чин и постављен за игумана нове обитељи. Вратио се у пустињу са потребним благословима за оснивање манастира.
По доласку на језеро, служио је благодарствени молебан и, заједно са браћом, започео изградњу храма, који је освећен 1534. године у име светитеља Николаја. Преподобни Стефан, као љубавни отац, бринуо је о браћи, дајући им пример смирења и труда.
Достигавши дубоку старост, предосетио је свој крај и припремио се за њега. Умро је 12. јуна 1542. Након његове смрти, обитељ је разорена од Татара, али на месту његове гробнице подигнута је нова црква, где су многи видели светлост, као да горе свеће.
Преподобни Стефан оставио је за собом многа чудеса, укључујући појаву трговца Гаврила, који је у олуји позвао њега у помоћ и видео светлог старца, који га је уверио у заштиту од потапања.
