Преподобный Стефан родился во второй половине XV века в стране Вологодской от благочестивых родителей. Отец его служил при княжеском дворе, но юноша, стремившийся к безмолвию, оставил княжеский двор и ушел в Лавру Дионисиеву, где был принят в число послушников и пострижен в монашество с именем Стефан.
Стефан, стремясь к духовному совершенствованию, отправился странствовать по северным пустыням и монастырям. Он остановился в Тихвине, но вскоре вернулся в родные Вологодские пределы, выбрав уединенное место у озера Комельского для жизни в молитве и посте.
В первые годы жизни в пустыне он испытывал множество трудностей и искушений, но Божия благодать не оставляла его. Однажды, во время молитвы, ему явились Пресвятая Дева и святитель Николай, которые благословили его на основание монастыря. Спустя три года к нему пришли братья, желающие разделить с ним труды.
Стефан отправился в Москву за благословением митрополита Даниила на строительство храма и обители. Митрополит с любовью принял его, и Стефан был рукоположен в сан священства и поставлен игуменом новой обители. Он вернулся в пустыню с необходимыми для основания монастыря благословениями.
Прибыв на озеро, он отслужил благодарственный молебен и вместе с братьями приступил к строительству храма, который был освящен в 1534 году во имя святителя Николая. Преподобный Стефан, как любящий отец, заботился о братьях, подавая им пример смирения и труда.
Достигнув глубокой старости, он предчувствовал свою кончину и подготовился к ней. Скончался 12 июня 1542 года. После его смерти обитель была разорена татарами, но на месте его могилы был построен новый храм, где многие видели свет, как бы горевшие свечи.
Преподобный Стефан оставил после себя множество чудес, в том числе явление купца Гавриила, который в бурю призвал его на помощь и увидел светлого старца, уверившего его в защите от потопления.
