Преподобний Стефан був сучасником преподобного Сергія Радонезького, народженим і вихованим у Києві. Прийнявши чернецтво в Києво-Печерській лаврі, він проводив життя в строгому утриманні та молитві. В умовах гонінь на православних він переїхав до православної Москви, де заснував монастир у лісовій місцевості Махрище.
За благословенням святителя Олексія, преподобний Стефан став ігуменом новоутвореної обителі, де подвижницьки трудився в молитві та праці, наставляючи братію на шлях спасіння. Він був відомий своєю скромністю та добродійним життям, привертаючи до себе багатьох ревнителів благочестя.
Преподобний Стефан мав тісні зв'язки з преподобним Сергієм, який, у свою чергу, шукав усамітнення. Стефан присвятив своє життя служінню Богу та спільноті, а також прийняв у свою обитель учня Григорія, який став пресвітером.
У 1406 році, відчуваючи наближення своєї кончини, він скликав братію і навчив їх про страх Божий і любов. Преподобний Стефан спочив 14 липня, і його мощі були поховані в обителі Живоначальної Трійці.
Після його смерті почалися чудеса, пов'язані з його іменем. У 1550 році, під час будівництва нового храму, мощі преподобного були знайдені нетлінними, що стало знаком його святості.
