У 1551 році до Москви був приведений мурза Туртас Гравирович, який прийняв Хрещення з ім'ям Сергій і жив у боярина Захарія Плещеева. Він вирішив присвятити себе Богові і, обійшовши пустелі, зустрів монаха-відшельника Нифонта, з яким почав вести суворе відшельницьке життя. Після випробування Сергій попросив постригти його в монашество і був названий Серапіоном.
Серапіон і Нифонт почали здобувати визнання, і до них почали приходити бажаючі вести духовне життя. Відшельницьке життя Серапіона тривало майже 18 років. Коли зібрався достатній кількість монахів, Нифонт вирушив до Москви просити землю для обителі, але помер, не розпочавши справу. В обителі почався голод, і Серапіон, проявивши співчуття, вирушив за подаянням, рятуючи братів від голодної смерті.
Дізнавшись про кончину Нифонта, Серапіон вирушив до Москви, де отримав грамоту від царя Федора Іоанновича, що надавала землю для нової обителі. Повернувшись, він з монаками очистив землю, огородив обитель і побудував два храми: на честь Святого Богоявлення і святителя Миколая. Патріарх Іов дав йому святі антимінси.
У 1608 році, за проханням старця, був поставлений в ігумени учень Серапіона Авраамій. Преподобний Серапіон скінчив своє земне життя 27 червня 1611 року, залишивши після себе до 40 монахів і був похований у храмі Кожеєзерської обителі.
У 1613 році монах Боголеп написав сказання про заснування монастиря та його першого будівничого – преподобного Серапіона.
