Godine 1551. u Moskvu je doveden murza Turtas Grigorijevič, koji je primio Krštenje pod imenom Sergije i živeo kod bojarina Zaharija Plesejeva. Odlučio je da se posveti Bogu i, obišavši pustinje, sreo je monaha-pustinjak Nifonta, sa kojim je počeo da vodi strogi asketski život. Nakon iskušenja, Sergije je zamolio da ga postrižu u monaštvo i dobio je ime Serapion.
Serapion i Nifont su počeli da postaju poznati, i kod njih su počeli da dolaze oni koji žele da vode duhovni život. Serapionov pustinjački život trajao je skoro 18 godina. Kada se okupio dovoljan broj monaha, Nifont je otišao u Moskvu da zatraži zemlju za manastir, ali je preminuo pre nego što je započeo delo. U manastiru je počela glad, i Serapion, pokazujući sažaljenje, otišao je da traži milostinju, spašavajući braću od gladi.
Saznajući za Nifontovu smrt, Serapion je otišao u Moskvu, gde je dobio povelju od cara Fjodora Ivanoviča koja mu je dodelila zemlju za novi manastir. Po povratku, on i monasi su očistili zemlju, ogradili manastir i sagradili dve crkve: u čast Svetog Bogojavljenja i svetitelja Nikolaja. Patrijarh Jov mu je dao svete antimince.
Godine 1608, na zahtev starca, učenik Serapiona Avraamije je postavljen za igumana. Blagorodni Serapion preminuo je 27. juna 1611. godine, ostavljajući iza sebe do 40 monaha i bio je sahranjen u crkvi Kožejezerskog manastira.
Godine 1613. monah Bogolep napisao je pripovest o osnivanju manastira i njegovom prvom graditelju – blagorodnom Serapionu.
