В 1551 году в Москву был приведен мурза Туртас Гравирович, который принял Крещение с именем Сергий и жил у боярина Захария Плещеева. Он решил посвятить себя Богу и, обойдя пустыни, встретил инока-отшельника Нифонта, с которым стал вести суровую отшельническую жизнь. После испытания Сергий попросил постричь его в иночество и был назван Серапионом.
Серапиона и Нифонта стали узнавать, и к ним начали приходить желающие вести духовную жизнь. Отшельническая жизнь Серапиона продолжалась почти 18 лет. Когда к ним собралось достаточное число иноков, Нифонт отправился в Москву просить землю для обители, но скончался, не начав дела. В обители начался голод, и Серапион, проявив сострадание, отправился за подаянием, спасая братьев от голодной смерти.
Узнав о кончине Нифонта, Серапион отправился в Москву, где получил грамоту от царя Феодора Иоанновича, предоставляющую землю для новой обители. Вернувшись, он с иноками расчистил землю, оградил обитель и построил два храма: в честь Святого Богоявления и святителя Николая. Патриарх Иов дал ему святые антиминсы.
В 1608 году, по просьбе старости, был поставлен во игумены ученик Серапиона Авраамий. Преподобный Серапион скончался 27 июня 1611 года, оставив после себя до 40 иноков и был погребен в храме Кожеезерской обители.
В 1613 году инок Боголеп написал сказание об основании монастыря и о его первом строителе – преподобном Серапионе.
