Στον κόσμο, ονομαζόταν Νικόλαος Καλλιβούρτζης, γεννημένος το 1749 στη Νάξο από ευσεβείς γονείς. Από μικρή ηλικία επιδίωκε την κάθαρση της καρδιάς και μια αγγελική ζωή. Ξεκίνησε την εκπαίδευσή του με τον εφημέριο και στη συνέχεια σπούδασε σε ευαγγελική σχολή στη Σμύρνη, όπου κατέκτησε πολλές γλώσσες και γνώσεις.
Το 1770, επέστρεψε στη Νάξο, όπου γνώρισε τον Άγιο Μακάριο Νοτάρα, ο οποίος τον προσέγγισε για την προετοιμασία της έκδοσης πατερικών βιβλίων. Το 1775, ήρθε στο Άγιο Όρος, πήρε το μοναχικό σχήμα με το όνομα Νικόδημος και άρχισε να εργάζεται στη Μονή Διονυσίου.
Το 1777, άρχισε να επεξεργάζεται τη συλλογή 'Φιλοκαλία' και άλλα πατερικά έργα. Σύντομα, μετακόμισε στο Σκήνωμα Παντοκράτορος, όπου υπό την καθοδήγηση του Γέροντα Αρσενίου, μελέτησε τις Άγιες Γραφές και τα έργα των Αγίων Πατέρων, αφιερώνοντας τον εαυτό του σε πνευματικούς αγώνες.
Το 1783, δέχθηκε το σχήμα και πέρασε έξι χρόνια σε σιωπή, μετά τα οποία επανήλθε στη λογοτεχνική του εργασία. Πέθανε στις 14 Ιουλίου 1809, αφού κοινωνούσε των Αγίων Δώρων και ήταν σε προσευχή. Ετάφη στο κελί Σκουρτεία στην Καρυά.
Ο Άγιος Νικόδημος έγινε γνωστός ως ασκητικός συγγραφέας και εκδότης πατερικών γραφών. Η τιμή του αυξήθηκε και το 1955 αγιοκατατάχθηκε. Η μνήμη του αγίου εορτάζεται στις 14 Ιουλίου.
