У свету, он се звао Николај Калибурци, рођен 1749. године на Наксосу у породици побожних родитеља. Од малих ногу тежио је прочишћењу срца и анђеоском животу. Образовање је започео код парохијског свештеника, а затим је учио у еванђеоској школи у Смирни, где је овладао многим језицима и знањима.
Године 1770. вратио се на Наксос, где је упознао светог Макариоса Нотара, који га је привукао да се бави припремом издања светотаца. Године 1775. дошао је на Свету Гору Атос, примио монашки постриг са именом Никодим и почео да ради у манастиру Дионисијат.
Године 1777. започео је уређивање збирке 'Филокалија' и других светотаца. Убрзо је прешао у Скид Пантократор, где је под вођством старца Арсенија проучавао Свето Писмо и дела светих отаца, посветивши се духовним подвизима.
Године 1783. примио је шему и провео шест година у тишини, након чега се поново посветио литерарном раду. Умро је 14. јула 1809. године, причешћен Светим Даровима и у молитви. Сахрањен је у келији Скуртејев у Карији.
Преподобни Никодим постао је познат као аскетски писац и издавач светотаца. Његово поштовање је порасло, а 1955. године је канонизован. Сећање на свеца се слави 14. јула.
